波爾多液是一種良好的保護性殺菌劑，可防治多種花卉植物的病害。對真菌引起的霜霉病、炭疽病、軟腐病、幼苗猝倒病等都有良好的效果；對細菌引起的潰瘍病和角斑病也有一定的防治效果。
近些年來，波爾多液在一些花卉上常發生藥害，主要有兩類：一是由銅離子引起的藥害。癥狀表現為受害葉片自葉尖開始變黑，逐漸干枯，向葉柄方向蔓延到葉片一半以致出現壞死斑，甚至穿孔。二是由石灰引起的藥害。表現為受害葉片生長畸形，變厚而粗糙，出現藥害的原因，一般有以下幾種情況。
一、配制波爾多液的原料質量差。配制波爾多液時，要選擇白色塊狀，新鮮優質的生石灰；選用青藍色、有光澤的硫酸銅晶體。綠色或紅色的硫酸銅含有雜質，不宜使用。如果在配制波爾多液時使用質量差的生石灰或硫酸銅，則很容易發生藥害，造成損失。為了避免這種藥害，可以用一種簡易的測定方法，即在配制后用剛磨過的小刀或鐵片，在藥液中攪拌幾下取出見上面附有黃色的銅漬，就說明波爾多液中仍有硫酸銅存在，就要再投入生石灰去化合，直到小刀上不見銅色為止。
二、選用比例不當。有些花木對硫酸銅或石灰特別敏感，容易遭受藥害，例如茄科、葡萄科、葫蘆科的花木對石灰敏感，應采用石灰半量式；桃、梨、蘋果、柿、杏、李等對硫酸銅敏感，應采用石灰倍量式或多量式。因此，應根據花木對石灰和硫酸銅的敏感程度，確定選擇等量式、倍量式、多量式或半量式波爾多液，如防葉枯病選用1∶1∶100波爾多液。
三、使用的濃度不當。不同花木或不同生育階段的花木，對波爾多液的反應有差異，在配制和施藥時要區別對待。一般花木前期植株幼嫩，耐藥力較弱，使用濃度宜低。如防治葡萄黑痘病前期宜用240倍石灰半量式，后期則可用180至200倍石灰半量式波爾多液；防治觀葉花卉霜霉病苗期宜用250倍的石灰半量式，后期則可以用150至180倍的石灰半量式波爾多液。
四、使用的時間不當。波爾多液是保護劑，能防治花木植物的多種病害，不管是防治哪一種病害都必須在病害侵入之前噴施。一般選擇在晴天施用，不能在陰雨、干旱天施用。波爾多液雖是農藥，但在使用時也應根據花木的種類和生長期合理使用。例如春季次防治橘類如盆栽金橘瘡痂病使用的濃度為0.6%，而且還要嚴格掌握在側露芽1至2毫米長度時噴施，若是春芽過長后噴藥，就會產生焦芽藥害。
五、合理混用不當。波爾多液不能同石硫合劑、福美雙、福美砷、退菌特等混合使用。噴過石硫合劑10天后才能噴波爾多液，噴過波爾多液以后需經過20至30天才可噴石硫合劑。波爾多液與有機磷農藥混用時應慎重，隨混隨用，不宜久放。