每一種農藥都有其使用的要求及特點，要掌握各種農藥的特點，才能讓你的作物生長得更旺盛，更加高產，微生物農藥也有很多注意的要點，比如高溫及施加后有暴雨天都是錯誤的施加時間。
一、要避免施用時溫度過低：有些農戶在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣溫較高的天氣條件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，故沒有達到預期的防治效果。這是因為，生物農藥施用時都要求較高的溫度。
二、要避免在干燥的天氣下施用：晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高溫干燥的天氣條件下施用，效果都不佳，這主要是因為環境濕度不夠所致。所以，選擇陰天、雨后或早晨等濕度大時施用。
三、要避免強太陽光：沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，引起藥效下降。微生物活體農藥，怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此要選擇在下午4點鐘以后或者陰天施用，發揮效果更好。
四、要避免施用后遭大雨沖刷：芽孢怕大暴雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。如果噴灑后有一場小雨，不但會使藥效增加，而且種子的防御能力也會增強，一旦害蟲吃了有農藥的種子一定會死亡，大大增加了藥效，所以噴灑農藥前要看好天氣預報。
五、要避免與殺菌劑混用：如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲并致死，可持續傳染，引起群體大量死亡。但作為一種活體真菌，如果與殺蟲劑混用，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。