設施栽培果樹，大棚內的生態環境與露地不同，棚內的生態環境條件，隨時都有使果樹發生病蟲害的可能。因此，果樹在大棚里生長期間，要有效地用農藥防治果樹病蟲危害，必須科學地正確使用農藥。
一要正確選用農藥
每種農藥各有一定的防治范圍和防治對象，在大棚內防治哪一種病、蟲，應根據棚內病、蟲發生的病情和蟲害特點，了解農藥性能和防治對象，正確選用農藥，做到準確用藥治病治蟲。
二要用藥適時
適時使用農藥，包括用藥時期。防治病蟲害，應本著治早、治小、治了的原則，在病蟲發生初期用藥防治。
施用農藥的時間是否合適，關系著防治效果，使用農藥適時才會有好的防治效果。噴施農藥，要考慮大棚內的溫度和濕度狀況，不宜在陰雨天、棚內濕度大或溫度高的情況下施用農藥，以免降低藥效。特別應該注意，在高溫情況下不要使用硫制劑農藥（如石硫合劑），如在高溫時使用濃度過大的石硫合劑防治蘋果果樹病蟲害，葉面會出現紅褐色斑，果面出現革狀紫褐色斑，影響果實外觀；甚至引起果樹落葉。
三要防止病蟲產生抗藥性
各種農藥的作用機制不同，要依據不同類型農藥，農藥的不同作用機制，交替使用農藥，以免病、蟲產生抗藥性。如果注意輪換使用農藥，則可避免或延緩病菌、害蟲抗藥性的產生。
四要用藥
為了防止因用農藥不當，導致果樹受藥害，防治果樹病、蟲應選用高效、低毒、低殘留的農藥；切忌隨便加大藥液濃度，用藥次數不要過多。嚴禁使用劇毒、高毒、高殘留、致癌、致畸、致突變和具有慢性毒性的化合物，如福美砷、賽力散、久效磷等農藥。應盡可能使用生物源農藥和礦物農藥。
棚栽果樹林無論是拱形棚或是一面坡式棚，一個棚內所栽果樹植株高低有別，噴的藥液量應多少有別，防止噴藥過量造成藥害。