微生物農藥對于作物是有著非常好的效果的，同時微生物農藥的重視程度也越來越高，在使用時一定要注意施用誤區，耽誤了微生物活體的效果。
、溫度太低時施用微生物農藥是錯誤的施用方法。很多農民朋友在施藥時對于環境因素的影響并不了解，并沒有挑氣溫高的天氣施用，而選在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，所以沒有達到預期的防治效果。這是因為，生物農藥施用時都要求較高的溫度。試驗表明，在25℃～30℃之間，噴施后的微生物活體農藥防治效果要比在 10℃～15℃之間的高出1到2倍。
第二、天燥天氣不適宜發揮微生物農藥的作用。如晴天上午十點鐘到下午四點鐘前等高溫干燥的天氣條件下施用，農戶反映效果很差。這是由于環境濕度不足引起。如白僵菌，作為真菌殺蟲劑，制劑主要含白僵活孢子，施用后通過直接接觸蟲體，或在用物上被害蟲吃入消化道，在適宜的條件下孢子萌發，在蟲體內繁殖，產生白僵菌素等，導致害蟲緩慢死亡。死亡蟲體上的菌絲和分生孢子，通過接觸或借助于氣流又傳播至其它健康蟲體上侵染，從而造成流行，引起大量個體死亡。落入土壤的白僵菌還能在土壤中越冬，第二年再侵染蟲體，繼續起殺蟲作用，后效明顯。因此，選擇陰天、雨后或早晨等濕度大時施用。
第三、強烈太陽光下使用也是錯誤方法之一。沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，引起藥效下降。微生物活體農藥，怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此要選擇在下午4點鐘以后或者陰天使用，效果會大大發揮。
第四、不要在大雨前施加微生物農藥，艱過大雨沖刷后，藥效會降低。芽孢怕大暴雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。如果噴施后﹙5～6小時后﹚遇到小雨，不但不會降低藥效，反而可提高防效作用，因為小雨對芽孢發芽大為有利，害蟲一旦食后會加速其死亡。所以要根據天氣預報確定施用時間。
第五、微生物農藥和殺菌劑混用也是不正確的。如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲并致死，可持續傳染，引起群體大量死亡。但作為一種活體真菌，如果與殺蟲劑混用，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。