因為我們平時用的大多數農藥為有機化合物和無機化合物，所以，我們在儲存農藥時，一定要分清它們的物理性能和化學性能，這樣才能基本的，同時防止農藥失效。
1、農藥長時間暴露在空氣中和陽光下，容易揮發和發生氧化作用等，引起質變。一般固體農藥要包裝嚴密，液體農藥要用有色瓶子或罐子盛裝。不管是固體還是液體農藥，都不能直接放在陽光下曝曬。
2、存放農藥的房屋，離糧倉、飼料房、牲畜棚圈要盡可能遠一些，防止污染和相互影響，也不宜與化肥同放，因化肥和農藥的種類都很多，性質各異，存放一起往往會發生化學反應，導致變質或失效。如碳酸氫銨當氣溫達到30℃時會分解，釋放氨氣，氨氣在潮濕條件下化合成堿性較強的氫氧化銨，可使遇堿分解的農藥降低藥效。
3、存放時的溫度不能過高過低，一般在30℃以上的溫度條件下，溫度越高，農藥越容易融化、分解、揮發，甚至燃燒爆炸；溫度太低對農藥也有不利的影響，如有些液體農藥，在0℃以下就會結冰，使藥效降低。因此，保存農藥，夏天要防止高溫，冬天要防止低溫。
4、有些農藥，如可濕性粉劑等，很易吸潮，吸濕后變成粗壯或硬塊，一來施用的時候比較費事，二來會變質失效紙袋包裝的農藥受潮后容易破裂，不僅不好搬運，還會污染周圍環境。