微生物菌肥施用有講究，不能與一些特定的肥料或農(nóng)藥混合使用，否則會(huì)影響微生物菌肥的效果。
微生物菌肥里的微生物容易受到化學(xué)物質(zhì)的毒害，因此像硫酸鉀之類的含硫肥料不要和微生物菌肥一起使用。微生物軍費(fèi)單獨(dú)使用，避免和其他化學(xué)性質(zhì)的肥料和農(nóng)藥進(jìn)行混合使用，那樣只會(huì)勞民傷財(cái)。
殺蟲劑、殺菌劑、除草劑。草木灰、未腐熟的農(nóng)家肥都含有高濃的化學(xué)物質(zhì)，因此要和微生物菌肥岔開使用。正確的方法是：在施用過微生物菌肥后，根據(jù)說明書上要求的間隔天數(shù)，過一段時(shí)間再施用其它肥料或殺菌劑、殺蟲劑等。生物菌肥做基肥埋在土壤中使用，這樣葉面噴施農(nóng)藥時(shí)不致殺死菌肥中的有益菌，才能有好的效果。有些菜農(nóng)在上茬蔬菜使用了滅線藥如溴甲烷、棉隆、阿維菌素等，這些農(nóng)藥在土壤中會(huì)殘留，短時(shí)間內(nèi)分解不，會(huì)使下茬蔬菜使用菌肥的效果大大降低。