辣椒在定植以后如果澆水過大或者雨水進棚導致土壤濕度過大，致使漚根或根系受傷而感染土傳病害。還有可能造成死棵。導致辣椒死棵的病害主要是腐皮鐮孢菌根腐病、疫霉根腐病、枯萎病、莖基腐病、青枯病等，這幾種病害的共同特點是一旦發病，傳播速度很快。若菜農先進行劃鋤，在土壤干濕度允許的情況下再采取藥劑防治措施，這樣往往是兩三天之后，一般這段時間病菌已經侵染木質部，再采取藥劑防治措施效果已不明顯。
一旦出現辣椒死棵現象，應立即采取藥劑防治措施，可選擇乙磷鋁錳鋅、普力克等藥劑進行灌根。灌根要有選擇性，出現萎蔫的植株要重點灌根，暫時沒有出現癥狀的植株可適當減少用藥量。
灌根之后，首先要解決的問題是土壤濕度過大。建議菜農先進行中耕劃鋤，加快降低土壤濕度的同時，增加土壤的通透性，可降低根系漚根、傷根的程度。中午注意降低棚內溫度，以減少漚根的風險。
防治腐皮鐮孢菌根腐病、疫霉根腐病、枯萎病、莖基腐病、青枯病引發的死棵，尚未定植的辣椒要用藥劑進行土壤消毒處理。定植前用多菌靈加福美雙拌土穴施，一般畝施各2千克即可。定植緩苗后用甲基立枯磷1000倍混普力克600倍加DT500倍灌根防治。并噴用6000-8000倍的愛多收促進植株生長。若是還沒有定植的辣椒出現雨后死棵現象，建議先把育苗缽從育苗畦內移到高燥地塊。進行灌根防病處理。原來的育苗畦由于已被病菌感染，需要進行土壤處理，一般使用氯溴異氰脲酸即可。