因為棚內連作重茬嚴重，菜農又不重視土壤消毒，導致土壤中病菌越來越多，土傳病害發生嚴重，死棵現象不斷。其實，當地棚室歇茬期較長，有些甚至達到3個月，有充足的時間進行土壤處理，減輕土傳病害。
首先，高溫悶棚配合藥劑熏蒸土壤。
棚內蔬菜拔園后，立即將棚內枯枝敗葉等清掃干凈，深翻土壤30厘米以上，澆水覆膜，高溫悶棚。還要注意將棚膜上所有的破孔粘合，防止漏氣，以棚內溫度迅速升高到60℃以上，并維持15天以上，將耕作層中的病菌殺死。若棚內土傳病害十分嚴重，建議菜農利用土壤熏蒸劑處理土壤。如石灰氮、棉隆、溴甲烷等，利用正確的方法覆膜密封熏蒸土壤，可起到良好效果。高溫悶棚后，一定要注意及時補充生物菌肥，讓有益生物菌盡快占據生存空間，防止有害病菌侵染繁殖。
其次，藥劑防病。一是穴施藥劑，菜農可以通過穴施乙磷鋁混DT或者金雷混DT的方法進行防治。二是蘸根，菜農可以使用烯酰嗎啉、阿米妙收、金雷、惡霉靈等混生根劑進行蘸根，或者使用生物菌劑進行蘸根，如康地蕾得等。三是灌根，菜農應根據發生病害的種類，合理選擇藥劑，如疫霉根腐病可用烯酰嗎啉、金雷等混DT及生根劑灌根，枯萎病可以用多菌靈、氟硅唑等灌根。
再次，改進灌溉方法，減少土傳病害傳播。建議菜農使用滴灌等新技術，避免大水漫灌，導致土傳病害迅速傳播。滴灌技術當前已經比較成熟，投資也不大，一畝地在1500元左右，效果卻很好，可以減輕土壤板結，提高透氣性，減少病害發生。