對棉花苗床進行消毒處理，應該依據本地棉花發生病害的情況以及防治重點科學選擇殺菌劑。在播種棉花播之前需對苗床土壤進行嚴格消毒處理，只有這樣做才可以有效的避免流行發生病害。
通常來說，使用殺菌劑對棉花苗床土壤進行處理，主要是為能夠有效的防治棉花的猝倒病、立枯萎病、枯病、炭疽病以及黃萎病等病害。經常用于對苗床土壤進行處理的殺菌劑主要有多菌靈、敵克松以及惡菌靈等。絡氨銅、甲基硫菌靈、菌毒清、強氯精、五氯硝基苯含福美雙、含福美雙以及拌種靈等農藥，用來拌作物種子處理以及在棉花苗期噴淋，也可以起到非常好的土壤消毒作用。下面小編給大家詳細重點介紹如下兩種：
1、菌立停。此藥劑是從海帶中經過處理提煉而來的精碘加助劑。菌立停的殺菌譜廣，不管是真菌、細菌還是由病毒而所導致的各種病害都具有非常好的防治效果，長期應用該藥劑不會產生抗藥性，能夠有效的防治棉花的立枯病、炭疽病以及枯萎病等病害。該藥劑的殺菌機理比較獨特，殺菌的速度僅僅需要幾秒鐘，由于它是一種帶負電荷的殺菌劑，它的本身具有很強的滲透性特點，而病菌通常都是帶有正電荷的，通常殺真菌僅僅需要7秒，細菌3到4秒，病毒10秒就能夠殺滅。用于棉苗病害，可以用稀釋液1000到1500倍液向苗床土壤進行灌根，效果非常好。
2、稻腳青主要用于棉花幼苗的炭疽病以及立枯病。主要抓好營養缽土以及蓋籽土的消毒處理。通常使用二十的稻腳青可濕性粉劑配制成零點三到零點四的藥液，將營養土缽給澆濕，并且使用祥通濃度的藥液對蓋籽土進行噴霧。