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水稻是從苗期到抽穗期都可能會發生惡苗病，通常會出現3個比較明顯的發病高峰期。在種植之后的半個月左右會出現個感染病害的高峰，在水稻分蘗高峰期會出現第二個發病旺盛峰，在水稻孕穗期會出現第三個染病害的旺盛峰。在前兩個高峰期感染病害比較嚴重。帶病菌的作物種子是水稻感染惡苗病的主要傳染源，其次是病稻草。惡苗病病菌主要是以分生孢子粘附著在種子表面或是以菌絲體潛伏到種子內過冬。播種病谷或是使用感染病害的稻草來覆蓋進行催芽，都將會引起幼苗發病。在苗期感染病害，病苗將會比健苗細高，發病苗葉片、葉鞘較為細長，葉色呈現淡黃，根系發育不正常，某些感染病害的作物苗在移栽前后不久就會死亡。病死的作物表面上會出現分生孢子，此可以通過風雨蔓延到無病害感染的幼苗上，從傷口侵入，導致多次再次侵染。但是此種再侵染能力相當弱，在田間侵染健康稻苗的可能性非常小。
在播種之前使用藥液進行浸種是惡苗病的為有效的措施，適宜使用的藥劑有氰烯菌酯、乙蒜素以及咪鮮胺等。但是用藥量太低或是用藥的濃度太低將會造成防治效果降低，導致發生惡苗病。使用藥液進行浸種的時間太短，也會造成防治效果下降。某些地區的水稻惡苗病病原菌會對咪鮮胺產生抗性，在這些地區，適宜更換使用氰烯菌酯、乙蒜素以及咯菌腈等藥進行浸種。在給水稻進行浸種的過程中，病種子上的病菌將會污染到沒有染病的種子。
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