蘋果干腐病主要傷害蘋果的枝、干部，也可危害果實。蘋果干腐病發生時，如果不好好管理，嚴重者會造成樹勢衰弱，甚至枝條枯死。
枝干受害分為兩種類型，潰瘍型和干腐型。前者發生在成株的主枝、側枝或主干上。一般以皮孔為中心，形成暗紅褐色圓形小斑，邊緣色澤較深。病斑常數塊乃至數十塊聚生一起，病部皮層稍隆起，表皮易剝離，皮下組織較軟，顏色較淺。病斑表面常濕潤，并溢出茶褐色粘液。后期病部干縮凹陷，呈暗褐色，病部與健部之間裂開，表面密生黑色小粒點。潮濕時頂端溢出灰白色的團狀物；后者成株、幼樹均可發生。成株：主枝發生較多。病斑多在陰面，尤其在遭受凍害的部位。初生淡紫色病斑，沿枝干縱向擴展，組織干枯，稍凹陷，較堅硬，表面粗糙，龜裂，病部與健部之間裂開，表面亦密生黑色小粒點。嚴重時亦可侵及形成層，使木質部變黑。幼樹：幼樹定植后、初于嫁接口或砧木剪口附近形成不整形紫褐色至黑褐色病斑，沿枝干逐漸向上或向下擴展，使幼樹迅速枯死。以后病部失水，凹陷皺縮，表皮呈紙膜狀剝離。病部表面亦密生黑色小粒點，散生或輪狀排列。被害果實，初期果面產生黃褐色小點，逐漸擴大成同心輪紋狀病斑。條件適宜時，病斑擴展很快，數天整果即可腐爛。
防治方法：對根部染病的樹，一經剪除病根后，可用藥水比例為1:250的雙效靈和7:100的高錳酸鉀進行土壤澆灌，以達滲透病根部位。灌藥量可根據樹齡大小和發病輕重確定，一般成齡樹每株澆灌藥液60kg為宜。灌根時間，全年進行兩次，即3月下旬到4月上旬一次，7月下旬到8月上旬一次。若情況不允許時，也可在果樹生長期隨時進行；也可以用化學方法進行防治，常用藥劑有1％硫酸銅，或5波美度石硫合劑加1％—3％五氯酚鈉鹽等。噴藥保護：大樹可在發芽前噴1:2:240倍式波爾多液2次。在病菌孢子大量散布的5—8月間，結合其他病害的防治，噴布50％多菌靈可濕性粉劑或50％甲基硫菌靈可濕性粉劑600—800倍液等藥劑3—4次，保護枝干、果實和葉片。