西葫蘆菌核病主要為害西葫蘆果實及莖蔓。西葫蘆果實染病后，殘花部分會呈現水浸狀腐爛，而后長出白色菌絲，菌絲上長出黑素菌核，病部以上葉、莖蔓會逐漸枯死。菌核病是真菌性的病害，經常造成植株的枯死或者腐爛的現象。
西葫蘆在播種前，使用10%鹽水加新高脂膜800倍液浸種2-3次，汰核，可采用高畦覆蓋地膜抑制子囊盤出土釋放子囊抱子，減少菌源。在溫度為20℃，容易引發病菌。菌絲在潮濕環境下，溫度相對在85%以上時發育良好，高溫高濕的環境條件下，更有利于菌核的形成。
西葫蘆菌核病的防治方法，在西葫蘆種子栽種前，進行消毒，將種子進行處理，用52℃溫水浸種30分鐘，將菌核消滅，或者用種子重量0.4%-0.5%的50%異菌脲懸浮劑對種子進行包衣。在西葫蘆種植前，對土壤進行處理，定植前用40%五氯硝基苯可濕性粉劑，或者選用40％福爾馬林每平方米用藥20-30ml加水2.5-3L，均勻的灑于土壤表面，充分拌勻后進行堆置，充分的殺滅病菌。
在西葫蘆菌核病發病初期可以施用，50%乙烯菌核利可濕性粉劑600-800倍液和70%代森錳鋅可濕性粉劑600-800倍液；50%異菌脲懸浮劑800-1000倍液和25%戊菌隆可濕性粉劑600-1000倍液；40%菌核凈可濕性粉劑600-800倍液和50％克菌丹可濕性粉劑400-600倍液；農藥結合水，進行噴霧灑施，根據西葫蘆病情進行施藥，間隔7-10天間隔噴1次。