水稻綿腐病是為常見的一種真菌性病害，尤其是在水稻秧苗期發生多。尤其是在低溫環境的條件下，發病極為嚴重。水稻在播種后，若氣溫低于10℃以下的溫度，秧苗的根部活力就逐漸減退，其吸水吸肥的能力隨之下降，終導致爛秧。
水稻秧苗在3葉期前后，氣溫逐漸下降，持續的時間越久，根部的生長明顯緩慢，病菌隨之侵染秧苗，爛秧就越發嚴重。水稻綿腐病在發病時，秧苗的幼芽部位出現少量的乳白色膠狀物，隨后會隨之逐漸擴散，致使整株出現鐵銹色，受到侵染的水稻內部出現腐爛，導致不能萌發，病株由基部腐爛而漸漸枯死。在發病期間，受到低溫的影響，水稻生育提供了病菌侵染的條件，播種后氣溫越低，持續的時間越長，對水稻產生的生育影響越大，水稻綿腐病就越來越嚴重。
采取有效的措施及時防治水稻綿腐病，將嚴格的挑選種子，防治水稻芽兒受凍，催芽時防治過熱，不得超過30℃，催芽過后應及時晾種；加強水稻間的水分管理，濕潤育秧播種后，遇低溫下雨天短時，應灌水保護其水稻發芽。可以采用藥劑進行防治，在播種前采用敵克松對苗床進行消毒，一旦發現病株后，及時施用藥劑進行防治。每畝采用25%甲霜靈可濕性粉劑800倍液-1000倍液或65%敵克松可濕性粉劑700倍液或硫酸銅1000倍液均勻噴施。
水稻綿腐病在發生病害嚴重時，秧田應更換清水2-3次后在進行施藥。另外，每畝撒施草木灰15公斤-25公斤，會有一定的防治效果。