小麥黑穗病主要在小麥穗部逐漸發病，病穗比健穗更早抽出。小麥黑穗病病害會通過花器侵染產生系統性病害，病害種子會隨著病菌進行蔓延。
小麥黑穗病在種子內會隨著小麥一起生長，漸漸侵染穗原的底部，在孕穗期時，會在小麥穗內迅速的生長發育。從而，漸漸的破壞小麥的花器，病穗上的小穗會全部受毀或部分受毀，小麥上部會殘留部分健穗，一般主莖及分蘗都出現一定的病穗，在小麥的抗病品種上會有分蘗而不發生病害。小麥在揚花期時，薄膜破裂會散出黑粉，逐漸隨風進行傳播到健株的花器柱上，侵入小麥的種子胚中，造成小麥的內部帶菌的生長。小麥在生長期間濕度大，更有利于引發病害的威脅。
應及時的采取措施，有效的防治小麥黑穗病的威脅。選用好小麥的優質麥種后，采用優質生石灰0.5kg，溶在50kg水中，濾去好的麥種30kg，在水面高出種子10-15cm，侵種子后不可在用清水進行沖洗，及時進行晾干即可。及時的選用藥劑進行拌種，選用63%的75%萎銹靈可濕性粉劑拌種，或用種子重量0.08%-0.1%的20%三唑酮乳油拌種。也可用40%拌種雙可濕性粉劑0.1kg，拌麥種50kg或用50%多菌靈可濕性粉劑0.1kg，兌水5kg，拌麥種50kg，拌后堆悶6小時，可以有效的防治小麥黑穗病，使得小麥能夠正常生長。