在棉花苗的生長時期特別容易受病菌侵害，造成死苗僵苗，特別是炭疽病和黃枯萎病的危害，會造成無法挽回的巨大損失。在施用殺菌劑時應注意以下幾點：
1、殺菌劑有兩種類型，在選擇使用殺菌劑時，要弄清殺菌劑的性質。預防植物發病的殺菌劑又稱保護劑，如波爾多液、代森錳鋅、多菌靈等；在植物發病后施藥，用以殺滅或抑制侵入植物體內的病原菌的藥劑，又稱劑，在發病初期施用效果較好，如抗枯寧、菌無菌、保治達等復合型殺菌劑。
2、殺菌劑應在上午8～9時，下午4時后噴藥。在烈日高溫下噴藥，不利作物吸收，藥劑易分解、蒸發快。
3、殺菌劑不能與堿性農藥混用。不能隨意加大或減少使用量。藥劑應隨配隨用。
4、殺菌劑多為粉劑、乳劑和膠懸劑，在施用前一定要稀釋溶開，先放藥，后兌水，再用棍棒攪拌。與其它農藥混用時，也應先稀釋殺菌劑后混入農藥。
5、使用殺菌劑噴霧的間隔期為7～10天噴一次。對粘附性不強、內吸性差的藥劑，噴藥3小時后遇雨，雨后須重噴。
6、盡快使病株棉苗恢復生長，短期內病株葉片由黃轉綠，健壯生長。在防治病害的同時，增強病苗的抗逆性，可噴施含多種微量無素的調節劑（葉面肥）進行調節。