棉花得了褐斑病后主要表現癥狀為：主要為害棉苗，受害子葉呈現紫紅色小斑點以后能互相愈合成不規則形病斑。病斑黃褐色，邊緣紫紅色，中間散生小黑點（分生孢子器）；病斑容易破碎成穿孔。受害嚴重時，子葉早落，棉苗枯死。病菌不侵害莖部和生長點，病株仍能抽生真葉。真葉被害，開始生紫紅色小斑點，以后擴大成為黃褐色到灰褐色邊緣紫紅色的圓斑，嚴重時能引起落葉。
發病規律性：病菌以分生孢子器在病殘組織上越冬，第二年散出分生孢子傳播到棉苗上為害。棉苗出土后子葉平展、片真葉剛露出還未張開時，易受害。春季多雨，低溫多溫，使棉苗生長衰弱，有利于病菌傳播和侵染。
防治方法：（1）殘枝落葉，燒毀或深耕、深翻壓埋入土中或實行輪作，減少病源。（2）加強苗期栽培管理，提高棉株抗病力。（3）施用殺菌劑，棉花出苗后，遇低溫多雨或結合寒流預報，噴灑600倍代森鋅或福美雙液，或1：1：200波爾多液。