沼肥由沼液及沿渣組成，是一種綠色環保、優質的有機肥。據測定，沼液中含有豐富的氮、磷、鉀、鈉、鈣等營養元素。沼渣中除含上述成分外，還含有有機質、腐植酸等。因此，沼肥常被用在農業生產中，像種柑橘、種梨、種西瓜、種蔬菜、種水稻、種烤煙、種花生、栽培蘑菇等。但在施用過程中還應注意以下幾方面。
沼肥出池后不能立即施用沼肥是在無氧條件下發酵產生的，還原性強，若出池后立即施用，會與作物根系爭奪土壤中的氧氣，影響蔬菜根系功能。因此，沼肥出池后，一般要先在貯糞池中存放5~7天，可按10∶1的比例加入磷肥混合堆漚施用。
沼肥作追肥時一定要對水稀釋沼肥作追肥施用時，要先對水，一般按1∶1的比例對水。沼肥施用后要及時覆土，以減少肥分損失，同時要做到隨用隨取。有專家曾經指出：沼肥施于地表，若不及時覆土，銨態氮損失可達50%。另外，沼肥的施用量也不能太大，每畝施用1200公斤左右即可。
沼肥不能與堿性肥料混施堿性較強的肥料與沼肥混合，會造成氮肥的損失，降低肥效。此外，沼肥作為底肥施用前，要在貯糞池中適當堆漚，以殺死部分殘留的病原菌。