有菜農反映種植的太空椒畸形果較多。走進該菜農棚室后發現，植株上畸形果主要表現為果實個頭小，果形扁圓，里面幾乎無種子或種子發育不良，后隨著生長果實顏色變黃并終脫落。預防畸形果的主要方法：
1、要注意控制溫度。
太空椒花期應注意避免大棚內的氣溫及地溫過低，影響開花授粉坐果，盡可能將棚室溫度白天控制25-28℃，夜間控制在13-18℃，為花器的發育創造有利環境條件。
2、要注意補肥。
植株體內缺乏硼肥會導致開花坐果不良，容易出現畸形果，因此要在開花前后注意噴灑含有硼的葉面肥，如硼砂等。同時，太空椒進入結果期后，需求鉀肥量加大，因而在施肥時一定要增加鉀肥的使用，避免因鉀肥供應不足出現畸形果。
3、注意控制植株長勢。
春季隨著氣溫的升高，植株營養生長容易出現過旺，營養生長過剩，則生殖生長不足，易出現畸形果。若植株營養生長過旺，在合理調控棚室溫濕度的前提下，可噴施助壯素750倍或矮壯素1500倍進行控制。