棚室生產的芹菜為淺根系蔬菜，吸水能力弱，對土壤水分要求嚴格，因此適宜有機質豐富、保水保肥能力強的黏堿土或沙壤土。缺少有機質，在易漏水肥的沙土、沙壤土栽培芹菜易產生空心現象。另外，芹菜對氮、磷、鉀的需求較大，生育初期和后期對氮的需要量都很大，初期需磷較多，后期需鉀較多。生育期缺氮易使細胞老化，終導致葉柄產生空心現象。缺磷時芹菜幼苗瘦弱，葉柄干老，葉片無光澤。
芹菜在育苗時期需肥量相對較少，但在育苗期因生長周期比較長，一般達到2個多月，所以每畝（667平方）使用腐熟的雞糞1000斤，100斤過磷酸鈣，10斤硫酸鉀，因雞糞含氮量較高，可以不用再單獨追加氮肥。
在育苗過程中，一般不再追施肥料，如果是露地育苗，遇到降雨量大的季節，可能會出現氮元素不足的情況，我們可以酌情一畝地追施硫酸銨10斤就可以了。在這里給種植戶建議，無論是在育苗期還是在芹菜定植以后，追施氮肥不建議使用尿素，農戶可以使用硫酸銨代替尿素使用。
等芹菜新葉開始展開，于是這芹菜進入快速生長期，因種植季節不同，農戶澆水的頻次也會有差異，如果按照每10天澆水一次的情況下，建議種植戶每次隨水沖施硫酸銨10斤，硫酸鉀5斤。
有些農戶注重氮磷鉀的使用，而忽略了中微量元素，缺鈣和缺硼會導致新葉干枯，嚴重的還會導致芹菜莖部開裂。建議種植戶在底肥施入中微量元素肥料以外，在芹菜生長期，還要葉面每次噴施糖醇鈣50毫升，硼肥20克，磷酸二氫鉀80克，噴施2-3次就可以。
在給芹菜施肥時一定要注意營養的均衡，當一種元素的濃度過高時往往會影響到芹菜對其它元素的吸收，這也會導致另一種元素的缺乏，對于芹菜的健康快速生長是不利的，所以施肥時一定要注意各種肥料的比例和量。