草甘膦和草銨膦從化學結構上講都屬含磷的氨基酸類除草劑。此二個除草劑中，草甘膦是“兄”，它于1974年投入市場；草銨膦是“弟”，于1986年商品化。二者都是非選擇性的滅生性除草劑，這是它們的共同之處；但此二兄弟也有很大的不同之處，尤其是它們的作用機制截然不同。
1、作用方式不同
草甘膦是甘氨酸類，作用機理——抑制烯醇丙酮基莽草素磷酸合成酶，蛋白質合成受阻；草甘膦為內吸傳導型廣譜滅生性除草劑，通過莖葉傳導到地下部，對深根雜草的地下組織破壞力強，能達到一般農業機械無法達到的深度。
草銨膦是膦酸類，作用機理——積銨觸殺，抑制谷氨酰胺合成。草銨膦為膦酸類非選擇性傳導型除草劑，通過抑制谷氨酸合成酶這一植物的重要酶作用，導致植物體內氮代謝紊亂，銨過量積累，葉綠體解體，從而使植物光合作用受抑制，***終導致雜草死亡。
2、傳導方式不一樣
草甘膦是內吸傳導滅生；
草胺膦是半內吸或內吸很弱無傳導的觸殺滅生。
3、除草效果不一樣
草甘膦一般要7～10天；
草銨膦一般為3天（正常氣溫）。
從除草速度、除草效果、控制雜草再生時期等方面看，草銨膦的田間表現都很優異，隨著草甘膦、百草枯的抗性雜草越來越嚴重，農民會因草銨膦的防效及良好的環保性能而很易接受。對生態要求更的茶園、農場、綠色食品基地等，對草銨膦的需求也越來越大。
4、除草范圍不同
草甘膦對160多種雜草有防除作用，包括單子葉和雙子葉、一年生和多年生、草本和灌木等植物，但它對部分多年惡性雜草防除效果不理想。對抗性惡性雜草如牛筋草、小飛蓬等，草甘膦效果不是很明顯；草甘膦一般不能用于淺根或根系暴露在外的作物如香菜、胡椒、葡萄、木瓜等；
草銨膦為廣譜、觸殺型、滅生型、非殘留除草劑，使用范圍很廣，草胺膦可以用在所有作物（只要不噴到作物上即可，行間施藥要加裝蓋或罩）。采用雜草莖葉定向噴霧處理，幾乎可以用于寬型種植的果樹、中耕作物、蔬菜和非耕地的雜草防除；
5、性能不同
草甘膦一般藥7天才播種移栽（一般需要草死亡厚播種，草甘膦入土后很快與鐵、鋁等金屬離子結合而失去活性，對土壤中潛藏的種子和土壤微生物無不良影響。）；
草甘膦是一種滅生性除草劑，使用不當會給農作物到來隱患，特別是用其防除田埂或果園雜草時，***易出現漂移藥害。要強調的是，草甘在果樹林譬如柑橘園使用時，對根系還是有破壞的，長期使用會導致果樹黃化等現象。
草銨膦在1～4天即可播種移栽。草銨膦低毒、、快速、環保、追肥增產，對土壤、作物根系和后茬作物無影響，持效期長，幾乎適用于所有作物除草，在土壤中易降解，對作物，不易漂移，更適用于在敏感期或霧滴漂移無法完全避免的玉米、水稻、大豆、茶園、果園等的除草使用。
6、兩者前景如何？
草甘膦所面臨的核心問題，是抗藥性。因著草甘膦的、低價、人體代謝快等優勢，草甘膦距離被市場自由淘汰尚且有很長一段時間。針對草甘膦的抗藥性問題，目前混配使用是一個不錯的對策。
草銨膦市場前景良好，增長迅速，但產品生產技術難度也較高，工藝路線也復雜，國內僅有極少公司能規；a。雜草專家劉長令認為，草銨膦無法打敗草甘膦，從成本來考慮，一噸草甘膦價格大約在2萬，一噸草銨膦價格大約在15萬——草銨膦的推廣，價格上的差距就是一道無法跨越的鴻溝。