大豆菌核病危害植株地上部，在苗期、成株期均可發病，但以成株花期發生受害較為嚴重。
1、苗期癥狀 苗期染病莖基部褐變，呈水漬狀，濕度大時長出棉絮狀白色菌絲，后病部干縮呈黃褐色枯死，幼苗倒伏、死亡。
2、成株期癥狀 成株期染病主要侵染大豆莖部，田間植株上部葉片變褐枯死。葉片染病始于植株下部，病斑初期呈暗綠色水浸狀斑后擴展為圓形或不規則形，中心灰褐色，四周暗綠色，濕度大時生白色菌絲，葉片腐爛脫落。莖稈染病多從主莖中下部分權處開始，病部水浸狀，后褪為淺褐色至近白色，病斑形狀不規則，常環繞莖部向上、向下擴展，致病部以上枯死或倒折。潮濕時病部生絮狀白色菌絲，菌絲后期集結成黑色粒狀、鼠糞狀菌核，病莖髓部變空，菌核充塞其中。后期干燥時莖部皮層縱向撕裂，維管束外露似亂麻，嚴重的全株枯死，顆粒不收。豆莢染病呈現水浸狀不規則病斑，莢內外均可形成較莖內菌核稍小的菌核，可使莢內種子腐爛、干皺、無光澤，嚴重時導致莢內不能結粒。