莖用芥菜的基肥施有機肥為主，可每畝施腐熟有機肥2000--3000公斤或45%復混肥60公斤，在撒施后耕耙入土后，就可以做畦移栽。
莖用芥菜的追肥主要是以氮肥為主，一般每畝施氮25--30公斤。分3次施用。移栽成活后植株進入8葉期進行次追肥。葉片生長速度快，只有及時追肥才能形成葉環，為莖的膨大打下基礎，一般每畝追濃糞肥1500--1750公斤，或尿素4--5公斤，加水1000公斤。在13葉期時進行第二次追肥，此時莖、葉的生長速度都很快，一般每畝用碳銨25公斤、過磷酸鈣20公斤、氯化鉀5公斤加水1500公斤澆施。15葉期時進行第三次追肥，每畝用尿素25公斤加12.5公斤的氯化鉀加水澆施，切忌撒施或單施氮肥，隔7天后，根據生長情況，再追1次肥。
注意，采收前不可再追肥，以防生長過速而造成作物空心。