（1）全面了解生物肥料的基本資料，如生產日期、保質期、使用量、使用方法等。如果不是現買現用，則要按照說明進行貯存，注意避光、通風和干燥。
（2）了解生物肥料中微生物的主要作用，適用作物等。如根瘤菌肥料適用于豆科作物，作為結瘤、固氮的接種劑；磷細菌肥料可把土壤中難溶性磷轉化為有效磷和無機磷等。
（3）掌握施用時間和施用技術。可以用“早、近、勻”三字來概括，即施用時間要趕早，一般作為基肥、種肥和苗肥來施用；施肥時與作物根系的距離要近；種子和苗肥需拌勻。
（4）與有機肥同時施用。兩種肥料混合使用，會提高肥料效果。
（5）施肥后立刻覆土，以免被太陽直射，殺死微生物，降低生物肥料的利用率。
（6）不宜與化肥、殺菌劑混用，否則會抑制生物肥料中的微生物生長，甚至殺死微生物，從而影響肥效。
（7）防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。
（8）不同種類的生物肥也不宜混用。目前，市場上的生物肥中菌種的種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抵制作用還不是很清楚，若相互抵制，則會降低肥效。