作物從種到收，這是一個很漫長的過程，但是吸收的養分總量是一定的，而各種養分之間也有一定比例。不管是肥料總量施的過多，或者某一養分施的過量，對作物生長都沒有好處。肥料特別是化學肥料施用過多，會使土壤溶液中養分濃度過高，這對種子發芽是不利的，過高的養分濃度，會灼燒種子，傷害幼苗，使作物生長受到抑制，就像作物種在鹽分較高的鹽漬化土壤上一樣。
在作物生長期，氮肥施用過量，會使作物出現瘋長，貪青晚熟，容易倒伏并招致病蟲害侵襲，終導致空秕率增加，千粒重下降，產量反而降低。磷肥施的過多也對作物生長不利，不僅營養期縮短，成熟期提前，出現早衰，而且容易造成鋅、鐵、鎂等營養元素缺乏，影響作物品質。同樣道理，鉀肥或微量元素施用過量，也對作物生長不利。
化肥施多了，作物吸收不完，大量可溶性養分轉入地下水，會造成地下水源被肥料污染的現象。過量施氮影響尤為嚴重，因為氮素在土壤中由于硝化作用，會變成硝酸鹽，這些硝酸鹽在一定條件下會形成一種叫亞硝銨的致癌物質，人畜長期飲用含硝酸鹽較多的地下水，會對健康不利。