不同的作物需要的養分是截然不同的，掌握好施肥量有機肥與化肥各有所長和不足，兩者要配合施用。考慮到合理性和可能性，施肥量要因作物而異。對大田作物提倡施用有機肥，一般畝施有機肥1000~3000公斤；對果樹和蔬菜則必須施用有機肥，其中果樹和露地蔬菜一般為3000~4000公斤，大棚等保護地蔬菜一般為4000~7000公斤。這里的施肥量主要指普通堆漚肥和廄肥，如為畜禽糞其用量應該適當減少，甚至減半。
有機肥多作為基肥施用，而春季施肥以春播或春季移栽作物為主，所以合理施用有機肥就更加重要。有機肥在備肥和施用時要注意以下幾點：
施肥前一定要堆漚腐熟有機肥中的養分多為無效態，難以被作物直接吸收利用，必須在腐熟過程中通過微生物分解轉化變成有效態；有機肥中含有各種有害的病菌、蟲卵和草籽，必需借助腐熟發酵的高溫進行殺滅。不少種植大戶將有機肥事先腐熟后封堆保存，隔年再用，這是一個成功的經驗，應予以推廣。
正確處理商品有機肥和農家肥的關系商品有機肥多為富含有機質的動植物廢棄物經發酵后制得，并達到了NY525-2002行業標準，作為商品出售，其品質優于一般農家肥。在施用方法上主要作基肥，每畝施用量為200~500公斤；一般不提倡作追肥，如果作追肥施用量應該適當減少，并配施適量化肥。由于其施用量較少，歸還給土壤的有機質相當有限，不可長期連續施用商品有機肥來代替農家肥，至少要每隔3~5年施用一次農家肥。
正確看待有機肥與有機食品的關系有機肥與化肥的主要區別在于：有機肥養分，養分配比天然合理，釋放緩慢，一般不會導致養分供應失衡；而化肥養分比較單一，養分釋放快，一般生產者難以完全做到科學控制養分的用量、配比和釋放速率，很容易因過量施肥或養分供應失衡而造成產品質量下降和環境污染，所以有機食品規定只許施用有機肥，不許施用化肥是有道理的。但有機肥如果選用不當也會帶來食品和環境污染問題，特別是當有機肥含有污染元素或有害物質及過量施用時。因此只施用有機肥的不一定就是食品，更不一定是有機食品。