施肥的就是為了使藥材達到高產，但是由于的入藥部位的不同，也就是施肥的主要的方法也就隨著不同，其主要的施肥方法有下面幾種情況。
1.撒施一般是在翻耕前將肥料均勻撒施于地面，然后翻入土中。這是基肥的通常施用方法。
2.條施和穴施在藥用植物播種或移栽前結合整地作畦，或在生育期中結合中耕除草，采取開溝或開穴施入肥料，分別稱為條施或穴施。這兩種方法施肥集中，用肥經濟，但對肥料要求較高，需腐熟，搗碎施用。
3.根外追肥在植物生長期間，以無機肥料、微量元素或生長等稀薄溶液，結合人工降雨或用噴霧器噴灑在植物的莖葉上的施肥方法，稱為根外追肥。此法所需肥料很少，施用及時，效果很高。常用的根外追肥溶液有尿素，過磷酸鈣、硫酸鉀、硼酸、鋁酸俊等。噴施時間，以清晨或傍晚為宜，使用濃度要適當，如硼酸用0.1%~0.15%，鉬酸銨用0.02%的濃度比較適宜。
4.拌種、浸種、浸根、蘸根在播種或移栽時，用少量的無機肥料或有機、無機混合肥料拌種，或配成溶液浸種、浸根、蘸根，以供植物初期生長的需要。由于肥料與種子或根部直接接觸或十分接近，所以在選擇肥料和決定用法時，必須預防肥料對種子可能產生的腐蝕、灼燒和毒害作用。凡是濃度過大的溶液或是強酸、強堿以及產生高溫的肥料，如氨水、石灰氮和未經腐熟的有機肥料，均不宜作種肥使用。常用作種肥的有微生物肥、微量元素肥、腐殖酸類肥以及骨粉、鈣鎂磷肥。硫酸按、人尿、草木炭等。
5.混合施肥，正確配合一般化肥和有機肥混合施用，效果更好。但不是所有肥料都可以隨便混合使用，應注意肥料的化學性質，酸性和堿性的肥料不能混合施用，如人糞尿或硫酸銨等酸性肥料，不能和草木灰等堿性肥料混合施用，氨水不能和硫酸銨、氯化銨等生理酸性肥料混合施用，以免氮素變成氨揮發掉。