由于棉花的生育期較長，為了棉花全生育期對養分的需求，一定要施足基肥。基肥應以有機肥料為主，配施適量性化肥，棉田常用有機肥以廄肥和堆漚肥為主。有機肥的用量與土壤肥力、肥料質量和產量等因素有關。土壤肥沃，肥料優質者少施，反之多施。北方棉田施用有機肥15噸/公頃或綠肥11.25—-22.5噸/公頃，有條件的地方再加施餅肥750—1125千克/公頃。低產棉田，可通過施用化肥促有機肥，達到培肥土壤的目的。一般在施總氮112.5-150千克/公頃的前提下，以純氮37.5千克/公頃作基肥（其余的75一112.5千克/公頃花鈴期作追肥），與有機肥混合撒施后深耕翻，肥效良好。中上等地力的壤質土壤，蓄肥供肥能力強，氮肥以分兩次施用為好，即基肥45%，花鈴期追肥55%。土壤肥力較差，質地偏砂，保肥能力低的棉田，氮肥可分三次施用，即基肥30%，蕾期追肥20%，花鈴期追肥50%。對于新疆內陸棉區和降雨較少以灌溉為主的旱地棉田，為了降低施肥的勞動投入，將化肥全部作基肥施用效果更好。
磷、鉀肥作基肥的用量依據土壤中磷和鉀含量的高低，同時還需要考慮土壤保蓄肥的能力。保蓄肥能力較強而質地相對赫重的土壤，磷、鉀肥可以全部作基肥；保蓄肥能力較弱的砂壤質土或砂質土壤也可留一部分鉀肥作追肥。由于棉花為直根系，入土較深，施用基肥時應注意適度深施。磷肥作基肥全層施用或與農家肥混合堆漚后全層撒施為好。一般每公頃施過磷酸鈣600—750千克（P20575一105千克）。在基肥用量較少時，為提高磷、鉀肥的效果，可在種植行的行下條施。我國南方棉區土壤普遍缺鉀，北方棉區土壤缺鉀較少，但近年來北方有些棉田施鉀效果明顯。在施用氮、磷的基礎上，中等地力及中上等地力的棉田每公頃施用氯化鉀或硫酸鉀135-150千克；中下等地力棉田每公頃施用氯化鉀或硫酸鉀225千克。
由于棉花的生育期較長，為了棉花全生育期對養分的需求，一定要施足基肥。基肥應以有機肥料為主，配施適量性化肥，棉田常用有機肥以廄肥和堆漚肥為主。有機肥的用量與土壤肥力、肥料質量和產量等因素有關。土壤肥沃，肥料優質者少施，反之多施。北方棉田施用有機肥15噸/公頃或綠肥11.25—-22.5噸/公頃，有條件的地方再加施餅肥750—1125千克/公頃。低產棉田，可通過施用化肥促有機肥，達到培肥土壤的目的。一般在施總氮112.5-150千克/公頃的前提下，以純氮37.5千克/公頃作基肥（其余的75一112.5千克/公頃花鈴期作追肥），與有機肥混合撒施后深耕翻，肥效良好。中上等地力的壤質土壤，蓄肥供肥能力強，氮肥以分兩次施用為好，即基肥45%，花鈴期追肥55%。土壤肥力較差，質地偏砂，保肥能力低的棉田，氮肥可分三次施用，即基肥30%，蕾期追肥20%，花鈴期追肥50%。對于新疆內陸棉區和降雨較少以灌溉為主的旱地棉田，為了降低施肥的勞動投入，將化肥全部作基肥施用效果更好。
磷、鉀肥作基肥的用量依據土壤中磷和鉀含量的高低，同時還需要考慮土壤保蓄肥的能力。保蓄肥能力較強而質地相對赫重的土壤，磷、鉀肥可以全部作基肥；保蓄肥能力較弱的砂壤質土或砂質土壤也可留一部分鉀肥作追肥。由于棉花為直根系，入土較深，施用基肥時應注意適度深施。磷肥作基肥全層施用或與農家肥混合堆漚后全層撒施為好。一般每公頃施過磷酸鈣600—750千克（P20575一105千克）。在基肥用量較少時，為提高磷、鉀肥的效果，可在種植行的行下條施。我國南方棉區土壤普遍缺鉀，北方棉區土壤缺鉀較少，但近年來北方有些棉田施鉀效果明顯。在施用氮、磷的基礎上，中等地力及中上等地力的棉田每公頃施用氯化鉀或硫酸鉀135-150千克；中下等地力棉田每公頃施用氯化鉀或硫酸鉀225千克。