大多數化學氮肥施入土壤后均可生成陽離子和陰離子兩部分。由于作物吸收化學氮肥中陰、陽離子數量不相等，當吸收陽離子多于陰離子時，能使土壤酸化的肥料叫做生理酸性肥料。
例如，硫酸銨或氯化銨施于土壤后，作物吸收銨離子多，吸收硫酸根離子和氯離子少，多余的硫酸根或氯根可分別生成硫酸或鹽酸，而使土壤酸化，所以硫酸銨和氯化銨都是生理酸性肥料。同樣的道理，硫酸鉀和氯化鉀也屬于生理酸性肥料。
然而，硝酸鈉和硝酸鈣這兩種氮肥的情況則不同。它們施入土壤后，因為作物吸收硝酸根離子的數量比鈉或鈣離子多，能使土壤反應呈堿性或弱堿性，因此硝酸鈉和硝酸鈣屬于生理堿性肥料。
硝酸銨施入土壤后，其所含成分全部都可被作物吸收，土壤中不會有殘留物，對土壤酸堿度也沒有影響，所以它是生理性中性肥料。
一般來講，酸性土壤應選用堿性或生理堿性肥料，如硝酸鈉、硝酸鈣等。如果沒有選擇余地時，應注意增施有機肥料或配施石灰以減少酸化的影響。
堿性土壤應選用生理酸性肥料，如硫酸銨、氯化銨等。對于鹽堿地，雖沒有土壤酸化的問題，但也不宜施用氯化銨和硝酸鈉，以避免因氯離子和鈉離子過多造成危害。