高溫悶棚是一個改善土壤的機會，讓土地更加的肥沃能夠更好的種植作物，我們可以配和施加肥料與高溫悶棚一起。具體措施如下：
首先是利用夏季大棚休閑期高溫悶棚，殺滅棚室中的病原菌。其操作如下：
1.干悶與濕悶結合：前茬蔬菜拉秧后或準備拉秧時，直接將棚室密閉，殺死土壤、立柱、墻體表層的病菌和蟲卵。7-10天后進行濕悶。濕悶時，必須深翻土壤25-30厘米。若不深翻而單采用旋耕機翻地，會造成、殺蟲范圍小，土壤深層耕作層的病菌和線蟲得不到防治，因而悶棚效果差。并且，翻地后要大水漫灌，覆蓋地膜，充公利用水的導熱性高于土的特點，土壤耕作層達到更高的溫度。
2.全棚密閉，悶棚15-20天：全棚密閉不僅是將棚室放風口關嚴，而且棚室地面還要覆蓋地膜。很多菜農就是因為不覆蓋地膜，而使土壤溫度達不到，因而高溫悶防治病菌效果較差。連續曝曬15天，其中至少要有連續晴好天氣5天。這與全棚密閉的作用是一樣的，主要是為了提高棚內的溫度和棚室土壤的溫度。這樣，棚溫達到 70-80℃，土溫達到60℃。若悶棚時間不足，棚內溫度達不到，效果差。
高溫悶棚也可結合石灰氮（氰氨基鈣）一起使用。
但是，高溫悶棚不可以殺滅有害菌，也可殺滅有益菌，悶棚后需要注意：一定要增施生物菌肥，以增加土壤中有益菌的數量，以防彩椒種植期病害的暴發。
其次是增施有機肥，改良土壤。
有機肥可以改良土壤，增強土壤的透氣性，利于根系的生長。作為一大茬彩椒來說，生育期長，因此一定增施有機肥，可畝用雞糞15方左右。但是，雞糞要腐熟方可使用。
可結合高溫悶棚一起進行。在深翻土壤的同時，施入未腐熟的有機肥，利用高溫將其快速腐熟。這樣不僅可以避免有機肥不腐熟造成的燒根熏苗現象，而且可以有效地殺死有機肥的病菌和蟲卵，更利于后茬蔬菜的正常生產。
也可使用生物菌劑快速腐熟法進行腐熟。將雞糞均勻撒入棚室后，可用金滿田復合型發酵菌劑、激968肥力高等生物菌劑均勻施于雞糞中，后進行翻地，7-10天即可將雞糞腐熟。