造成西紅柿臍腐病的原因可能是土壤中鈣離子含量少，也可能是施用的鉀、鎂或銨態氮肥過多造成的，不一定是土壤中缺鈣。土壤中的鈣是以鈣離子的形式被植物吸收利用的，而鈣離子很容易與土壤中的磷酸根離子結合形成沉淀，如果土壤中同時施入鈣肥和磷肥，在一定條件下發生反應，鈣肥以沉淀的形式被固定下來，作物不能有效吸收利用，就容易導致臍腐病的發生；蔬菜進入結果盛期后，菜農都習慣連續沖施高鉀型肥料，以促進膨果，誰知沖施過度，導致土壤含鉀量過高，由于鉀離子的競爭能力強于鈣離子，致使鉀離子的存在抑制了鈣離子的吸收；同時，土壤中若含氮量高，銨離子也易與鈣離子發生拮抗作用，導致植株缺鈣。另外，鈣元素本身在植物體內的移動性很小，輸送速度緩慢，再加上大棚內相對空氣濕度大，蒸騰作用差，鈣元素在植物體內向上輸送的動力小，更易導致植株缺鈣。
以下幾點預防臍腐病：1.科學施肥。當蔬菜進入結果期后，可適當沖施高鉀型肥料，但一定要控制氮鉀肥的使用量，科學施肥，避免出現氮鉀過量抑制其他元素吸收的現象；2.增施有機肥。有機肥含有豐富的有機質和作物生長所需的營養元素，能夠有效改良土壤，增加土壤透氣性，提高根系的活力；3.葉面施肥。葉面施肥快，可用綠芬威3號進行葉面噴施，一般在下午3、4點左右噴施葉片吸收效果好；4.適當補硼。適量的硼肥可促進葉片中的碳水化合物向根中輸送，促發新根，可在葉面噴施鈣肥時摻入適量的硼肥。