在悶棚時施加糞肥，如果不腐熟會有哪些影響呢？很多菜農習慣于將新購買的雞糞、稻殼糞提前用到土壤中，結合夏季高溫悶棚促進糞肥腐熟，這種腐熟方法還是比較好的。但菜農施用完全未經腐熟的糞肥，容易因為悶棚時間短，腐熟不，導致蔬菜定植后仍出現燒根等問題，影響蔬菜的正常生長。記者采訪過程中就發現過多個這種事例，雖然經過長時間的高溫悶棚，可定植蔬菜后仍然出現燒根現象。而施用完全腐熟的糞肥，雖然能迅速補充土壤有機質，但不利于土壤中有益微生物的大量繁殖，改良土壤及抑制病原菌的作用較差。
半腐熟糞肥配合生物菌肥施用時，生物菌肥中的活性微生物可以迅速補充土壤中的有益微生物，增加土壤中有益微生物的數量，更好地抑制土壤中各種土傳病菌的繁殖。因此，半腐熟的糞肥施用到土壤中高溫悶棚，效果更好。
糞肥在土壤中腐熟的過程，也是一個改良土壤的過程，因為微生物在分解糞肥的過程中，數量迅速增加，不僅能促進土壤團粒結構的形成，其代謝產物還能抑制土傳病害，改良土壤效果良好。我們提倡施用半腐熟的糞肥，因為此時糞肥中已經存在大量有益微生物，縮短了糞肥腐熟的時間，避免高溫悶棚時微生物尚未大量繁殖，完成糞肥腐熟，就已經被高溫殺死，腐熟效果不佳。高溫悶棚完成后，土壤微生物大量死亡，再向土壤中施入一定量的生物菌肥，如肥力高、發糞寶等，使有益微生物可以更早占據生存空間，抑制病原菌的侵染繁殖。