在大棚里面給西瓜進行育苗的期間，若是我們錯過時機的防治病害將會很容易的出現猝倒病危害，導致大片的幼苗在沒有預料的時候的倒下死亡，所以在我們防治病害的時候時需要預防為主，綜合防治。
在病菌侵染了西瓜的幼苗之后，剛開始的時候在幼苗距離地面很近的莖處將會產生黃色的水漬狀的病斑，之后出現病害的部位將會變成黃褐色并且將會快速的圍著莖1圈變成老皮以致的脫落。當培育的苗床濕度比較大的時候，出現病害的部位以及四周的土面將會鋪一層顏色為白色的棉絮狀菌絲體。
對于出現這些病害，我們需要做到以下幾點：
、進行用藥劑浸泡種子。在種植之前可以選用五十的可濕性粉劑多菌靈800倍液進行浸泡種子大約6到7個小時，之后進行催芽播種。
第二、利用營養土進行處理。可以選用七十的可濕性粉劑敵克松大約500克左右，再添加營養土大約100千克左右，把它們均勻的配制然后堆放一天之后裝進缽離，這樣可以對消滅土中的病菌非常的有效。
第三、藥土蓋種。播種后選用50％多菌靈500克或40％五氯硝基苯粉劑200克，加細干土100千克，配制毒土覆蓋1厘米厚，能有效防治出苗期間的病菌侵染。
第四、給苗床的管理進行加強，采取培育壯苗。適宜幼苗出土的土壤溫度大約在20℃-25℃之間。在大棚里面，在白天把溫度控制到大約25℃的左右，在夜間把溫度控制在16℃之上，在幼苗長齊之后需要控制對瓜田的澆水量，確保土壤里的含水量大約在四十五左右或者是幼苗的葉片不出現萎蔫，當幼苗出現擁擠瞎長的時候，需要不失時機的重新調整好苗缽的間距，使它可以的受到光照而健壯正常的生長。