施用肥料對水稻以及魚類生長都非常有利，但是過量施肥或是施肥方法不合理，會對泥鰍造成有害作用。所以，一定要堅持以基肥為主、追肥為輔，以有機肥為主、化肥為輔的原則。
在稻田中施用的磷肥。經常是以施用鈣鎂磷肥及過磷酸鈣為主。在施用鈣鎂磷肥之前應該首先和有機肥料堆漚發酵之后使用。在堆漚過程依靠微生物與有機酸作用，可以促進鈣鎂磷肥溶解，增強肥效。在進行堆漚的時候，把鈣鎂磷肥攪拌在10倍之上有機肥料中，漚制30天之上。過磷酸鈣混合有機肥施用或是廄肥與人糞尿一起堆漚，不僅能夠增強磷肥的肥效，并且過磷酸鈣容易和糞尿中的氨化合，降低氮元素揮發，對保肥非常有利。所以，采取氮肥結合磷鉀肥作為基肥深施，可以提升利用率，也可以降低對魚類的危害。有機肥均需要腐熟才可以使用，以避免有機肥在腐解的過程中產生大量有機酸以及還原性物質而對魚類生長造成影響。
基肥占有全年總施肥量的七十到八十，追肥占二十到三。注意施用足夠的基肥，適宜的增加施用磷鉀肥，并嚴格控制使用量，由于對泥鰍造成影響的主要是化肥。例如過量施用，水中化肥濃度太大，就會對水質造成影響，在嚴重時早盤呈泥鰍死亡。
幾種經常施用化肥用量分別是為：每畝硫酸按10公斤到15公斤；尿素在5公斤到10公斤；硝酸鉀在3公斤到7公斤；過磷酸鈣在5公斤到10公斤。比如以碳酸氫錢代替硝酸按照作追肥，一定要拌土制成球肥深施，每畝使用量在15公斤到20公斤。碳酸氫作為基肥，每畝可以施用25公斤，在施用后的5天才可以放苗。長效尿素作為基肥，每畝的用量在25公斤，施用后的3到4天放魚。若是使用蠶糞作為追肥，應該經過發酵之后再使用。由于新鮮蠶糞含有尿酸鹽，對魚具有毒害。在施用人畜糞追肥的時候，每畝每次以500公斤以內效果，作基肥時以800公斤到1000公斤。過磷酸鈣不可以和生石灰混合施用，以避免引起化學反應，降低肥效。酸性土壤的睡到田適宜常施石灰，中和酸性，增強過磷酸鈣肥效，對提高水稻結實率非常有利，但過量則會造成危害。