機插稻的分蘗發生節位非常低，分蘗期又很長，為了把群體穗數掌控在適宜范圍之內，在施用的考慮上主要是應該改進分蘗肥的施用時間，以調整利用適宜的分蘗節位以及控制中期群體，并且增加穗肥的施用，促使穎花分化而爭取大穗。
機插稻傷根重，在插入到田中之后的新根發生比較緩慢，若是過多施用基肥則無法利用，若是在早稻生長期前期出現低溫陰雨天氣，極易導致肥害僵苗；也會因為在移栽之后灌水及排水的頻繁，致使肥料出現嚴重流失，使肥料的利用率大大降低。所以，科學的施用方法通常是在機插之后一周長第2心葉時，施次返青分蘗肥，并且與使用小苗除草劑進行化學除草相結合。在機插之后的12天到14天再施用一次分蘗肥，在栽后的18天左右根據幼苗情況可再進行施一次肥，通常是掌握在有效分蘗葉齡期以后，能夠及時退勁為宜。注意若過多、過遲的施用分蘗肥，將會造成群體過大，對水稻的成穗率和大穗的形成影響非常的。
肥料運籌。和常規手插早稻比較，機插稻秧苗比較小、大田分蘗期很長，在前期吸氮素少、中期吸氮量大，在種植上應“前氮中移”，適宜減少基肥中的施氮量，通常占總共施氮量的三十。機插稻高產栽培，平均每畝需要施用純氮18千克到20千克，氮、磷、鉀的配比是為1∶0.5∶0.6，基肥、分蘗肥、穗肥的施氮比例大體是3∶3.5∶3.5。磷肥應該全部基施；鉀肥基施、拔節肥用量各半。分蘗肥分成兩次施用對促進分蘗早發、穩發比較有利。在機插之后的6天到7天施一次，使用量占分蘗肥的四十，可以結合化學除草平均每畝使用尿素5千克左右，栽后半個月施用余下的分蘗肥。
穗肥可以按照苗情作適宜的增減，缺肥田塊應該提早施用。施用合理對鞏固穗數及爭取大穗很有幫助，但是需要避免葉面積過分增長，以形成合理的冠層結構，利于增加結實率以及千粒重。機插早稻施用穗肥，通常分為分促花肥以及保花肥兩次施用。機插稻施用促花肥，它的作用是促使穗枝梗以及穎花的分化。提高每穗穎花數。通常是在穗分化的始期，也就是在葉齡余數13.5左右時施用，并且可結合具體苗情而決定，即葉片正常褪淡，可以平均每畝施用尿素7.5千克到10千克進行追施；若是葉色比較深不見褪淡，可以推遲并降低施用量；若是葉色比較淡的，可以提早3到5天施用促花肥，并且適宜提高用量；如果葉色一直比較深的也可不施。保花肥通常選在出穗前的18天到20天施，具體時期可以通過田間觀察，也就是臨田剝查10個之上單莖的葉齡來確定。當五十的的有效莖蘗葉齡余數不超過1.2葉的時候，是為追施保花肥的適期，通常每畝使用量為尿素7.5千克左右，對那些葉色淺、群體生長量小的可以多施，但是每畝尿素不要超過10千克；若是葉色比較深或是濃綠的，則適宜少施或是不施。