生物農藥是天然存在的或是通常修飾基因的一種藥劑，和常規農藥的不同在于其具有獨特的作用方式、少的施用劑量以及靶標品種的專一性。生物農藥是目前種植無公害綠色蔬菜重要推廣應用的新型保護藥劑。因為在使用的時候，天氣變化會對性農藥中的活性造成直接影響，進而使其的效果降低，所以在使用時應該特別去注意天氣條件。
在太陽光中的紫外線會殺傷芽孢，所以在應用農藥適宜選擇是在陰天或是下午4點之后進行，若是可以在粉狀農藥中添加粗糖蜜或是玉米糖漿，將會對過濾的紫外線產生特定的作用。
在生物農藥中的芽孢喜歡在濕度大的環境下生存，所以在應用時田間濕度越大它的藥劑效果就會越高，也比是噴施粉狀生物制劑農藥更加應該重視田間濕度。通常在早上以及傍晚有露水的時候噴施粉劑，這對菌劑比較好地粘附在農作物莖葉上有利，并且還可以促使芽孢繁殖，增強藥效。
在溫度很低的情況下，芽孢在害蟲體中的繁殖速度非常緩慢，蛋白質晶體也不會容易產生作用。根據相關試驗，溫度在25攝氏度到30攝氏度的時候應用生物農藥的藥效將會在在10攝氏度到15攝氏度時提高1到2倍。所以，溫度在20攝氏度以下時不要去應用農藥。
出現中到大雨的天氣，會將噴灑在作物莖葉上的農藥沖刷掉，進而使防治效果降低；但若是在施藥5小時之后降雨，那么不但不會使防治效果降低，反而會起到增效的效果。