大棚辣椒為吸收肥量較多的蔬菜類型，辣椒生長期較長，但根系不發達、根量少，耐肥能力較強。每生產1000公斤約需氮5.19公斤、五氧化二磷1.07公斤、氧化鉀6.46公斤。在各個不同生育期，所吸收的氮、磷、鉀等營養物質的數量會不同，從出苗到現蕾、初花期、盛花期和成熟期吸肥量分別占總需肥量的5%、11%、34%和50%，從初花至盛花結果是辣椒營養生長和生殖生長旺盛時期，也是吸收養分和氮素多的時期，盛花至成熟期，植株的營養生長較弱，這時對磷、鉀的需要量多；在成熟果采收后，為了及時促進枝葉生長，需要施用大量的氮肥。
辣椒苗期施肥以基肥為主，合理施肥，可追施10％的腐熟的人糞尿水，或0.1％的尿素，配合施用少量的磷鉀肥，施入廄肥、炕土、豬糞、塘泥、人糞尿、餅肥等，667m2用腐熟有機肥3000-5000kg，過磷酸鈣50-80kg，餅肥50-100kg，2/3鋪施，1/3施入定植溝內。大棚栽培施基肥量要大，一般每667平方米施入優質農家肥7500kg，餅肥300kg，過磷酸鈣60kg，碳酸氫銨50kg。辣椒座果能力好，落花少，產量高，有效的提升辣椒的品質。