蘋果苗防爛根應及時的加強園林間的管理，雜草及落葉，可以有效的防止病害的發生。
蘋果苗防爛根加強栽培管理，果園要及時進行排灌，防止旱澇。增施有機肥料、改良土壤，提高土壤肥力并適當增施鉀肥。以增強蘋果樹勢，提高樹體抗病能力。在發現蘋果苗爛根病株后，應根據不同病害進行處理。先對周圍的土壤進行藥劑，可以有效的防治。蘋果樹爛根，及時刮除蘋果病變的組織，并及時帶離果園區域，并將其銷毀。選用藥劑70%五氯硝基苯，以1：50-100的比例與新土混合均勻，分撒到病根周圍；每株小樹用藥量為50-100克，大樹為150-300克；用50%代森銨水劑500倍液或50%退菌特可濕性粉劑250-300倍液、硫酸銅100倍液、40%甲醛l00倍液等澆灌土壤，也有一定的防治爛根的效果。
農業人員加強園林間的管理，定植后抗病性強的砧木，選用優質、抗病的品種，進行播種。蘋果植株種植于地勢高、土壤肥沃、保水保肥的生長環境中，更有利于蘋果植株的生長發育，能提高其產量和品質。對蘋果坑土進行，選用藥劑500倍液硫酸銅、75%五氯硝基苯800倍液、50%代森銨400倍液、40%福美砷500倍、70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1500倍液、2%農抗120水劑200倍液，正確施用，效果極為顯著，可以有效的防止蘋果苗爛根的現象。