1、選用抗（耐）病品種。因為茄子品種對綿疫病的抗病性有很大差異，各地經驗都認為圓茄類型的品種比長茄類型品種較抗病。例如北京的九葉茄，天津的燈籠紅、山東的五星茄等。作為抗病、耐病的主要原因是圓滑的果面，不易給水珠、水霧留有存在的條件，在無水滴、水霧的情況下，即便有孢子囊存在，也不具備萌芽的條件。另外是厚皮品種比薄皮品種較抗病，早熟品種比晚熟品種較抗病。
2、地膜覆蓋。采用黑色地膜覆蓋地面或鋪于行間，能夠阻斷土壤中病菌孢子對茄果的飛濺傳播，從而起到較好的防病效果。還可以借日光進行高溫及防止雜草生長。
3、實行輪作。要合理安排地塊，忌與西紅柿、辣椒等茄科、葫蘆科作物連作。因為綿疫病菌除了為害茄子外，還可為害番茄、辣椒、馬鈴薯、黃瓜、南瓜等作物，一般實行3年以上的輪作倒茬制度。
4、精心選地。要注意選擇地勢高燥、排水良好的地塊，并且采用深溝高畦栽培方式，有利于雨后排水。防止洼地栽培，盡量避開土壤粘重，雨后易積水的地塊。
5、科學肥水。施足腐熟農家肥，增施磷、鉀肥，適時追肥，小水細灌不積水，中午暴雨后要立即澆壓清水，以抵制侵染增強植株抗病力。
6、精細管理。適時整枝，打去下部老葉，改善田間通風透光條件，及時摘除病葉、病果，并將病殘體帶出田外，以防止再侵染。
7、藥劑防治。茄子定植前以50%克菌丹可濕性粉劑500倍液噴布苗床，使其帶藥定植緩苗后，以70%代森鋅可濕性粉劑500倍液噴灑保護，初始發病出現中心病株，應立即拔除銷毀并噴藥防治。在結果期特別是雨季前要噴藥保護，防止病害發生。有的農民從雨季開始，每隔7天噴一次1：1：200倍波爾多液進行防護，效果很好。一旦發病，必須立即施藥。藥劑有75%百菌清500-600倍夜，50%甲基硫菌靈可濕性粉劑800倍液，40%乙磷鋁可濕性粉劑200倍液，64%殺毒礬500倍液等，一般每隔7-10天噴1次，連噴3-4次，為防止形成抗藥性每次用藥宜采用不同種類藥劑。