（1）嚴格禁止使用化學合成的肥料（如尿素、二胺、過磷酸鈣、磷酸二氫鉀等等）。
（2）有機農業土壤培肥過程中使用的投入物質應滿足國家有機產品標準部分GB/T19630.1-2005附錄A中的要求。
（1）有機農業土壤培肥物質的來源主要有：a. 農場自制并腐熟的堆肥或漚肥；b.經認證機構許可后從農場外購買的農家肥；c. 通過有機認證或經認證機構許可的有機商品肥。但有機農業倡導盡量開發和使用種肥源。
（2）如果農場計劃使用的投入物質未列入有機生產標準附錄A中，那么申請認證的單位必須向認證機構申報，在認證機構參照標準附錄D的要求對該物質進行評估并同意使用后，農場方可使用該物質。
在土壤培肥中還應注意人糞尿的使用范圍。必須使用時，應當按照相關要求進行腐熟和化處理，并不得與作物食用部分接觸。禁止在葉菜類、塊莖類和塊根類作物上施用。