一、超劑量使用。除草劑活性較高，必須嚴格按照其說明書推薦劑量使用。而很多農民朋友為了達到好的除草效果，習慣擅自加大劑量，一般都用到推薦劑量上限的1.5-2倍，并且兌水量又普遍不足，通常情況下是一畝一桶水( 15公斤 左右)，這是常見的因超劑量使用而造成的藥害。
二、混配產生藥害。主要是與有機磷農藥混配產生藥害，農戶在噴施除草劑時，為了兼治麥蜘蛛和蚜蟲，減少勞動強度，便將除草劑與有機磷農混配在一起，在特殊的氣候條件下產生藥害。
三、使用時機不當。小麥除草劑使用中常見的問題就是拔節后使用產生藥害，典型的例子如2，4-D丁酯小麥拔節后使用輕則造成小麥葉片扭曲、穗子奇形，重則影響小穗發育而絕收。
四、環境條件改變。任何除草劑品種的使用都需要有一定的環境條件，如溫度、濕度等，小麥除草劑一般要求溫度穩定在10度以上，土壤墑情足效果好。環境條件不適宜，不但不能收到理想的除草效果，有時還會產生藥害。如農戶在防治小麥禾本科雜草時通常用精惡唑禾草靈，正常使用下不會對小麥產生影響，但如果使用后，遇到降雨田間積水，就很容易產生藥害。
五、藥液飄移產生藥害。在噴施小麥除草劑過程中因風或操作不當而發生藥液飄移至鄰邊的油菜、蠶豆 等敏感作物上造成藥害。