還有一種根腐病，它專門危害牡丹根部，病狀是根部變黑、腐爛，妨礙生長，重的可導致整枝死亡。
防止此病在分株栽植時就要認真檢查，若發現有病根，一定要剪除燒掉，并于栽植時在栽植穴中撒些硫磺粉。
常見的蟲害為吹綿介殼蟲。可用40%的氧化樂果乳劑加1500倍水溶液噴灑，入冬或早春時用石硫合劑涂在枝干下部，也有較好的效果。
牡丹系肉質根，稍能耐旱，怕積水，故澆水是否得當，是盆栽牡丹成敗的一個關鍵問題。
一般早春出室的牡丹，應先施一次肥水，然后澆透水，水稍干后松土。以后澆水應根據天氣、盆土情況，適時、適量進行，經常保持盆土濕潤，有利牡丹生長開花。合理的澆水，應該是見干見濕，不宜澆大水，防止盆內積水，以免爛根落葉。 牡丹開花時，可設棚覆蓋或暫時放在室內，避免陽光直射，這樣可延長開花期，對主枝頂芽是葉芽的，應摘去，以免徒長，影響開花。
為使牡丹開花鮮艷，花期可用0.5%-1%的磷酸二氫溶液進行葉面噴施2-3次。牡丹花謝后，要進行一次整形修剪，及時剪去殘花及花梗，不令結籽，保留莖部的1-2個外側芽，這樣可使植株生長旺盛，次年開花。 牡丹雖然較耐寒，但在華北等寒冷的地區，立冬前后，應搬入室內，放在房間的向陽處，室溫保持0度左右即可。次年出室不宜過早，須待清明前后再出室。不太寒冷的地區，可選隱風處將花盆埋入土壤內，使盆面與地面平齊，以保持盆土的濕度和溫度，也可牡丹越冬。
待第二年春天牡丹花現蕾后，再連盆將牡丹從地中挖出，進行正常管理。 牡丹常見的病害是褐斑病，初起時葉面出現黃綠色斑點，以后逐漸擴大，形成褐色或黑色斑紋。可用波爾多液每月噴1-2次，若病情嚴重則可噴3次。對染病較重的葉子要剪下燒掉，以防蔓處延。