棉花的枯萎病，凡是出現過此病的大田，以后再種棉花會十分容易得這種病，甚至會更加嚴重，這是因為這類病菌一旦在土壤里潛伏下來，就難以根除，當遇到適宜的氣候條件時，很易復發。
近些年，我國陸續引進和選育了一批抗蟲棉品種，抗蟲性、豐產性大都不錯，氣候正常的年份，抗蟲棉品種增產優勢也很顯著。但抗蟲棉的弱勢是抗病性有些不足，當6月上旬至7月上旬，遭遇持續陰雨的不利氣候時，有的抗蟲棉甚至嚴重感病。其中，有的抗蟲棉品種感病率達40%左右，雖然抗蟲，但仍會出現減產。同時，多數抗蟲棉品種上桃比較集中，后期容易早衰，生產上也值得特別注意。
防治棉花枯萎病的有效辦法，除了選用抗病品種增強抗病性外，另外改善水系設施，改進施肥技術，可以增強抗病能力。
一、增施各類有機肥料。我曾在幾處棉花枯萎病發病株達20%左右的棉田施用生物有機復合肥料，當年的發病株降至5%以內，比相鄰的同類未施用生物有機復合肥的棉田感病株降低15個百分點左右。這是因為生物有機肥的分泌物，能抑制病菌的繁衍入侵。因此，一可每畝施用農家積造的有機肥3000~4000公斤；二可施用不同菌種的生物有機復合肥，每畝75公斤左右；三可施用高能有機復合肥，每畝100公斤左右，各地可結合當地的實際情況靈活選用。
二、增施鉀肥用量。多年的棉花生產實踐表明，常規棉對鉀肥的需求量比抗蟲棉相對要少，現在抗蟲棉市場占有份額大，而抗蟲棉對鉀肥的需要量要比常規棉高出一倍以上。大田種植抗蟲棉缺鉀現象比較普遍，增施鉀肥既可增強對枯萎病的防御能力，又可預防因為缺鉀引發的生理性病害（凋枯病）及持續高溫、暴雨之后常易爆發的紅葉莖枯病，還可避免早衰。一般每畝施用鉀肥不少于30公斤。
三、重施普施花鈴肥、桃肥。棉花進入花鈴期，是需肥的高峰期，每畝要施高含量的多元復合肥20公斤左右，單株結有3個左右成桃時，每畝還應施尿素15公斤左右。同時，根外噴施磷酸二氫鉀、速樂硼等，能有效地防止棉花早衰垮桿。
四、改善水系設施。在枯萎病發生嚴重的年份里，我們在田間調查中常可見到，在同一常易發生枯萎病的棉田中，地下水位高的地段比地下水位低的地段發病率要高得多，說明根系發育不良的棉花對枯萎病菌的入侵抵抗能力減弱。棉花發苗首先發根，棉田水系設施好壞，事關棉花根系的壯弱，發根好的棉花，也能增強對枯萎病的抗性。因此，高產棉田，應做到排水大溝、廂溝、腰溝相通，日降100毫米的大雨能排、能降、能濾，雨住田干。