1.保護無病區無病區嚴禁從病區調運種子，不用病區麥秸作包裝材料外運。從病區調進種子要嚴格檢驗，播前用0.1%甲基硫菌靈浸種10分鐘，殺死種子表面的病原菌。
2.合理輪作重病區輪作倒茬可控制全蝕病危害，零星病區輪作可延緩病害擴展蔓延。輪作應因地制宜，堅持1－2年與非寄主作物輪作一次，如花生、煙草、蕃茄、甜菜、蓖麻、綠肥等。
3.平衡施肥增施有機底肥，提高土壤有機質含量，每公頃施用腐熟有機肥10萬kg左右。無機肥施用應注意氮、磷、鉀的配比，土壤磷達0.06%、全氮含量0.07%、有機質含量1%以上，全蝕病發展緩慢；磷含量低于0.01%發病重。
4.生物防治對全蝕病衰退的麥田或即將衰退的麥田，要推行小麥兩作或小麥玉米一年兩熟制，以維持土壤頡的防病作用。美國用熒光假單胞菌防治全蝕病，大田增產30%，但效果不夠穩定。農業科學院開發的生，山東農科院開發的生劑“蝕敵”、“消蝕靈”均有防效。5.藥劑防治用12%三唑醇WP按種子重量0.02－0.03%拌種（a.i），防病效果均好。2.5%適樂時種衣劑按1:1000包衣處理，對小麥全蝕病有一定防效。