（1）選用紅肉網紋甜瓜、白雪公主、隨州大白甜瓜等抗（耐）病品種和伊利沙白、紅甘露、新蜜雜7號、巴的、黃旦子、綠珍珠等早熟品種。
（2）與非瓜類作物進行5年以上輪作，是水旱輪作。
（3）施用酵素菌漚制的堆肥或腐熟的有機肥或在土壤中添加0.5%的s—H添加劑（稻殼、蔗渣、蝦殼粉等加尿素、過磷酸鈣、硝酸鉀制成），可減少枯萎病發生。對酸性土壤應施用消石灰，每667平方米100～150kg把土壤pH調到中性。
（4）種子或包衣
①浸種種子可用40%福爾馬林150倍液浸種30分鐘，撈出后用清水沖洗干凈再催芽播種；也可用50%甲基硫菌靈或多菌靈可濕性粉劑浸種30～40分鐘。
②用種子重量0.2%～0.3%的40%拌種雙粉荊或50%多菌靈可濕性粉劑拌種。
（3）種子包衣。方法見立枯病。
（5）采用營養缽育苗，移栽時用雙多懸浮劑（西瓜重茬劑）和神奇不朽300～350倍液灌穴，每穴0.5kg，每667m2用藥lkg；對直播的在播種和甜瓜5～6片真葉時分別灌雙多懸浮劑600～700倍液，每穴灌對好的藥液0.5kg，每667m2兩次用藥Ikg。
（6）坐瓜后發病前或發病初期，除采用上述藥劑外，還可選用10%雙效靈水劑200倍液或41%聚砹嘧霉胺600倍液、50%苯菌靈可濕性粉劑1500倍液、38%惡霜嘧銅菌酯800倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液、12.5%增效多菌靈濃可溶劑200～300倍液、60%琥；乙膦鋁可濕性粉劑350倍液灌根，每株灌對好的藥液100毫升，隔10天再灌一次，連續防治2～3次。對枯萎病一定要早防、早治，否則效果不明顯。此外，于定植后開始噴灑液體法生產的細胞分裂素500～600倍液，隔7～10天1次，共噴3～4次，可明顯提高抗性，如能加入0.2%磷酸二氫鉀或0.5%尿素或噴灑噴施寶每毫升加水11～12升、植寶素7500倍液、救世主、神奇不朽、惠滿豐活性液肥，每667m2400～500毫升，對水400～500倍液，也可噴灑促豐寶600～800倍液。
（7）甜瓜枯萎病發生重的地區或田塊，提倡選用云南黑籽南瓜或南砧1號做砧木，用適合當地的優良甜瓜品種做接穗進行嫁接。嫁接苗對枯萎病防效達90%以上。方法參見西葫蘆枯萎病。采用靠接或插接法，進行嫁接后置于塑料棚中保溫、保濕，白天控溫28℃，夜間15℃，相對濕度90%左右，經半個月成活后，轉為正常管理。采用靠接法的，成活后要把甜瓜根切斷。定植時埋土深度掌握在接口之下，才能確保防效。
（8）重病田可穴施藥土，藥土的比例為1:100，在穴內下鋪、上蓋，然后覆土。可選擇的藥劑有70%甲基硫菌靈，50%多菌靈等。