防治這兩種病害應要做好苗床和營養土的藥劑處理，一般每平方米苗床用40%多菌靈或50%福美雙可濕性粉劑15~20克，與苗床土混勻。如苗床內已發現病苗，應及時拔除，并在苗床上撒干草木灰，立即噴藥防止蔓延。
一、補苗 直播西瓜如果幼苗出土不齊、缺苗較多時應及時補種。補種用催芽的種子，這樣出苗快，苗齡相差不大。如果缺苗發生較晚而且數量不多，可在雙苗穴內挖取一苗移栽到缺苗穴內。移栽前先澆透水，待水滲下后用鏟子起苗，帶土坨要大，以免傷根影響成活。為補苗方便，播種時在行間空地多播一些，補苗之用。補苗時苗齡越小越好。 育苗移栽的瓜田，在西瓜幼苗的移栽過程中，如果營養缽破碎，很容易造成瓜苗死亡。當發現缺苗時，應將剩下的營養缽內健壯的瓜苗補栽上去，使補栽的瓜苗與大田苗齡相近。
二、間苗 直播瓜田每穴播種量較大，易因苗多而造成擁擠、相互遮陰等現象，應及時疏除多余的幼苗、病苗。在第二片真葉展開后進行次間苗，去弱留強，每穴留兩株健壯的幼苗。幼苗長出第四片真葉時，進行第二次間苗，即定苗，每穴選留一株生長的幼苗。間苗、定苗時，用剪刀或手指除掉淘汰苗，不可連根拔除，以免傷及選留健苗的根系。
三、中耕松土 在幼苗生長期間，為保持瓜根周圍土壤疏松，應進行松土工作，操作時一手護住瓜苗及根莖，一手拿鏟子在瓜根四周輕輕拍幾下，可防土壤板結對幼苗根莖處的傷害。在黏土地上此項工作顯得更為必要。瓜壟的行間可淺耕，中耕時結合鋤草，一般中耕2～3次，到瓜蔓鋪滿畦后不再中耕。
四、水分管理 1.看苗澆水：土壤是否缺水可以根據植株的表現來判斷，如苗期可在溫度較高、日照較強的中午觀察，子葉或幼苗先端的小葉向下并攏，葉色變深時，就是幼苗缺水的象征；而子葉略向下反卷，或幼苗瓜蔓遠端向上翹起，則表示水分正常；如葉緣變黃，則表示水分過多。植株長大后，在中午觀察時發現葉片萎蔫，然后可恢復，表明葉片缺水，葉片萎蔫的程度及恢復時間的長短，則表明缺水程度的大小，根據以上形態特征決定澆水時間和澆水量。 2.土壤不干不澆水，并且澆水量一次不能過多。 3.苗期應控制澆水，果實膨大期適當增大澆水量。
五、病蟲害防治 西瓜苗期病害主要有猝倒病和立枯病。對于這兩種病害的防治，應采取以加強苗期栽培管理為主，藥劑防治為輔的綜合防治措施。當苗床開始零星發生立枯、猝倒病苗時，要立即拔去病株，并在苗床上撒些干草木灰，及時噴灑以下農藥：75%百菌清（達科寧）600倍液、58%瑞毒霉（雷多米爾）500倍液、大生600倍液、64%殺毒礬500倍液、80%代森鋅600倍液等。以上藥劑要交替使用，同時可以加入綠芬威一號1000倍液，以增進營養吸收，培育壯苗，增強抗性。