隨著科技的發(fā)展和農(nóng)業(yè)的進(jìn)步，番茄的品種越來越豐富，番茄的品種包括六個(gè)番茄屬的種，其中三個(gè)果實(shí)有色，另三個(gè)果實(shí)為綠色。
1. 普通番茄 （Lycopersicon esculentum Mill）
所有的普通番茄都是自交能孕和可近親交配的。野生櫻桃番茄的柱頭在開花時(shí)會(huì)伸出比花藥圓錐體稍高一點(diǎn)，因此會(huì)有一小部分自然雜交。
普通番茄為一年生植物，有蔓性、半蔓性或直立性等：其葉片缺刻深淺不一，從光滑到有細(xì)毛茸。花序從單總狀到復(fù)總狀，花少數(shù)或多數(shù)，花有小、中、大各種類型，花萼短于或長于花冠，子房光滑或帶確茸毛，柱頭為圓柱形，果實(shí)有扁圓形。圓球形。球形和長圓形等不同形狀，子房有少數(shù)或多數(shù)者，果色為火紅。粉紅。橙黃；深黃或淡黃、綠色、紫色等多種。
植物矮性的平均為50~80 cm，高而蔓性的甚至有3 m或更高的，不同品種的莖在幼苗期大多是直立的，至果實(shí)長大后通常因果實(shí)重量而多倒?fàn)睢?/p>
果實(shí)有各種形狀，萼洼有寬窄和深淺之別，果重一般重1~500g；單果中有種子40~400粒，種子呈心臟形，有毛，扁平。
⑴ 櫻桃番茄（Var. cerasiforme Alef）
番茄的祖先是櫻桃番茄（L. esculentum Var. cerasiforme），櫻桃番茄是惟一在南美以外發(fā)現(xiàn)的野生番茄，櫻桃番茄比其他普通番茄屬的種能更好地適應(yīng)熱帶潮濕的條件。現(xiàn)在的番茄品種與野生的櫻桃番茄之間，有密切的親緣關(guān)系。這兩種類型很容易互相雜交。
植株生長強(qiáng)健，莖蔓性，體表被有細(xì)而短的黃色茸毛（長2.5 mm）。葉大。缺刻深、裂片長、先端漸尖，間裂片為橢圓形、卵圓形或圓形。花序主要為單總狀，或長或短，花數(shù)較少，主要由5花被組成，少數(shù)有6花被的。花萼與花瓣幾乎等長。子房球形，柱頭短或與雄蕊等長。果實(shí)為球形，有火紅。深黃等顏色，子室為2，果實(shí)光滑或有毛茸，種子心臟形。有茸毛。
這一變種具有廣泛的分布區(qū)：在墨西哥、中美洲。秘魯?shù)鹊鼐蟹植肌烟曳压麑?shí)味酸，廣泛應(yīng)用于罐頭食品中，也可作為選育抗病品種的原始材料。
⑵ 梨形番茄（Var. pyriforme Alef）
植株生長中強(qiáng)，莖直立或蔓生，光滑或被有毛茸，葉中大到大。花序主要為單總狀的。少數(shù)有強(qiáng)烈的分枝，花少數(shù)，偶有多數(shù)。花萼短于花瓣。花瓣漸尖到橢圓。子房長形，柱頭短或與雄蕊等長，果實(shí)為2室，偶有3室的。果形指數(shù)為1.5~2.0，果色有紅色、黃色。粉色等，心臟形，有茸毛。
梨形番茄與球形番茄雜交所得后代呈橢圓形、長圓形及卵圓形；與栽培品種雜交得到的后代變異很大，由此提供了很大的選擇性，可以獲得許多有價(jià)值的品種。
⑶ 李形番茄（Var. pruniforme）
植株生長中強(qiáng)，莖高130~150 cm，葉中等大小，裂片缺刻深，花序單總狀。較短，長8~10 cm。花少，7朵左右，花中等大小，有5~6個(gè)花瓣，直徑2 cm，花柱長短與雄蕊相等。果實(shí)小形（長2.5~3.0 cm，寬1.5~2.0 cm），果形指數(shù)為1.5~2，子室2.果重15~20 g，果色有紅、黃、粉紅色等，種子少。
⑷ 長圓形番茄 （Var. elongatum）
植株生長中強(qiáng)，莖直立或蔓生，高為70 cm，其上被有茸毛，葉中大到大，裂片卵形、全緣。花序有單總狀，偶有復(fù)總狀，花有多有少，通常具有7朵，花被5出，少數(shù)有6出者，萼片短于或長于花瓣，花柱等于或長于雄蕊；果實(shí)重30~50 g，有火紅、粉紅及深黃等顏色。
該種為食用種，分布較廣，具有很高的干物質(zhì)含量。故為培育加工品種的良好原始材料。同時(shí)它對土壤要求不高，適應(yīng)性較強(qiáng)。
⑸ 普通番茄（Var. vulgare）
植株生長強(qiáng)健，莖有蔓性、半蔓性或矮生性。分枝性有弱有強(qiáng)，體表有茸毛，葉片中大到大，具有不整形的缺刻。葉色從淺綠到深綠，葉邊緣有鈍鋸齒到尖鋸齒。花序有總狀或復(fù)總狀，花從少數(shù)到多數(shù)。果實(shí)有各種形狀，各種顏色，大小不一，以及各種成熟期的品種，栽培品種大多數(shù)集中在這個(gè)變種內(nèi)。
⑹ 大葉番茄 （Var. grandifolium）
植株生長中強(qiáng)，葉系覆蓋中等或稀少。莖具蔓生性。被有茸毛，葉大，有似馬鈴薯葉。所以又稱其為薯葉番茄。葉的裂片為1~2對，全緣。間裂片及小裂片缺少。花序呈單總狀或復(fù)總狀。花中，小形，有5—7花被。果實(shí)有圓形、扁圓形及扁平形等多種，有的也有橢圓形者。子室從少數(shù)到多數(shù)。果色有火紅。粉紅或黃色等多種。
這一變種在栽培品種中為數(shù)不多，在經(jīng)濟(jì)栽培上井無特殊價(jià)值，僅根據(jù)葉形的特殊性，而列為一個(gè)變種。
⑺ 直立番茄 （Var. valiudm Baily）
植株生長強(qiáng)健，呈矮性或中等高度，分枝性強(qiáng)，莖粗狀呈直立，節(jié)間短，莖上有茸毛。葉柄短，葉色濃綠，皺褶明顯。花序從單總狀到復(fù)總狀，花從少數(shù)到多數(shù)，花從小到大，有5~6花被。果實(shí)呈圓球形、扁圓形或扁平形，表面平滑或有菱形。主要有火紅色和粉紅色果實(shí)兩種。
⑻ 細(xì)葉番茄 （Lycopersicon pimpinellifolium（Jus 1） Mill）
番茄屬的有色果實(shí)野生種。在秘魯海拔較低的地方很容易見到，它的野生種生長在秘魯?shù)暮０渡焦鹊貐^(qū)，在秘魯北部（南緯7°~8°）的海岸邊就可以采集到細(xì)葉番茄。圍繞著利馬河，以及秘魯南端靠近智利邊界處，也可收集到細(xì)葉番茄。
細(xì)葉番茄和普通番茄可以相互雜交，親緣非常接近，這是惟一的野生種表現(xiàn)出與普通番茄的天然漸滲現(xiàn)象。這兩種情況都說明了細(xì)葉番茄在栽培番茄的進(jìn)化中起了重要作用，因?yàn)楝F(xiàn)在的品種與它有密切的親緣關(guān)系，并且容易回交。細(xì)葉番茄在植物育種上是很有吸引力的種質(zhì)資源。用細(xì)葉番茄為親本培育出了抗鐮刀菌枯萎病和抗性斑點(diǎn)病的品種。
2.契斯曼尼番茄（Lycopersicon cheesmanii Riley）
契斯曼尼番茄是番茄屆第三個(gè)果實(shí)有色的種，是惟一在加拉帕戈斯群島上發(fā)現(xiàn)的，由于在地理上與大陸上的種完全分離，因此可判定是單獨(dú)進(jìn)化成的各種類型的契斯壘尼番茄都是自主能孕的，囚而只能是近親繁殖。各個(gè)群體都很一致，自花受粉導(dǎo)致果實(shí)發(fā)育小（直徑1cm），果實(shí)成熟時(shí)常為橙色。有些同型遺傳小種色累含量少，果實(shí)成熟時(shí)為黃色或黃綠色。契斯曼尼番茄對于植物育種家沒有提供育用的抗病基因，但契斯曼尼小番茄變種的—個(gè)有價(jià)值的特性是抗鹽，從野生種的海岸群體中的許多基因，已經(jīng)和馴化的普通番茄栽培種Walter進(jìn)行了回交，使該種植物能在用70%的海水灌溉下生存和結(jié)果。
3. 小花番茄（L. parviflorum）和奇美留斯基番茄（L. chmieleuskii）
這兩個(gè)綠色果實(shí)的種的變異中心，處于秘魯?shù)哪暇?2°~14°，西經(jīng)72°~74°。該地區(qū)為秘魯?shù)母沟兀瑸楸容^孤立的地區(qū)，因此這兩個(gè)種發(fā)現(xiàn)比較晚。小心番茄。奇美留斯基番茄為該地的分布重疊種。
現(xiàn)在可以用小花番茄與普通番茄進(jìn)行雜交而不必克服什么種問障礙。遇到的問題是，有些小花番茄品系怎樣接受普通番茄的花粉，但這僅反映了野生種的花在去雄技術(shù)上的困難。有幾種小花番茄的生物型具有顯性的脫葉基因，并有隱性的致死作用，它只有在和（普通）番茄雜交時(shí)才表現(xiàn)出來。這種基因在和其他奇美留斯基番茄遠(yuǎn)交時(shí)并不表現(xiàn)出來。
這兩個(gè)種相和番茄屬其他種的雜交。屬于“番茄復(fù)合體”。雖然它的果實(shí)成熟時(shí)為灰綠色，但小花番茄‘minutum’這個(gè)種，比番茄屬其他種更近似于綠色果的洗液番茄而不同于其他綠色果。奇美留斯基番茄和小花番茄在果實(shí)成熟時(shí)含糖量較高，奇美留斯基番茄（可溶性固形物為10~11%），和美國加州品種VF-145（可溶性固形物大約為5%）經(jīng)過一系列的回交，育雛的品系含糖量明顯增加，果實(shí)大小和顏色也是可接受的。
4. 多毛番茄（Lycopersicon hisutum Humb and Bonpi）
為一年生或多年生，莖初期直立，而后因本身的重量而下垂。表面覆蓋有長而黃色茸毛為其主要特征，因而稱力多毛番茄。茸毛長為2.5~3.5 mm。在莖及側(cè)枝上長的茸毛中間還夾雜有短的黃色茸毛。
葉大，長20~30 cm，寬10~12 cm，呈狹長的橢圓形，基部帶有不正形的托葉，葉柄短。間裂片很多，上有叢密的茸毛。花序?yàn)橹械却笮。L15 cm，單式或?yàn)榫砦矤睿腥酌Ｃ恳换ㄐ蛏嫌?0~15朵花。花的基部帶有成對的苞片，花萼小而短，萼片5枚。花瓣為黃色，一般為5枚，花藥呈紡錘彤，徑粗3~4 mm，花柱與雄蕊幾乎等長，柱頭成球桿狀。果實(shí)直徑1.5~2.5 cm，綠白色，有長的茸毛，種子暗褐色。頂端光滑。
多毛番茄是典型的高山原產(chǎn)植物，一股均在海拔2000~2500 m以上的地方生長，在海拔1100 m以下。則很少看到。它短日照植物。在18h的光照條件下，開花很弱，而在12h光照下雖然開花茂盛。但果實(shí)不能形成。它適于栽培在8~10 h的光照下。
多毛番茄的果實(shí)化學(xué)成分（估算鮮重的百分率：干物質(zhì)為10.1%，全糖為1.66 %（包括單糖O.50%，雙糖1.16%），酸為0.32%，Vc為5.7 mg/100g。
這種果實(shí)化學(xué)成分的含量與其他種差別很小，有苦味，不能食用，但在果實(shí)中胡蘿卜素的含量則高于栽培品種量的3~4倍。多毛番茄耐溫度要求較低，能耐較長期的低溫（0~3℃）甚至到-2℃不會(huì)凍壞。
Ⅱ 秘魯番茄復(fù)合體種
1. 智利番茄（Lycopersicon chilense Dun）
智利番茄有直立生長的習(xí)性，而三典型的秘魯番茄則為匍匐生長。智利番茄的葉子具有11個(gè)或更多的裂片，秘魯番茄則很少有這種情況。的