無籽西瓜具有生長勢強、抗病、含糖量高的特點，但也存在采種量低、發芽率低、成苗率低等問題。無籽西瓜培育過程中可以采用以下有效措施來克服。
一、無籽西瓜培育過程中增施磷肥。據農科院果樹研究所研究，增施磷肥平均單瓜產籽量比未施磷區提高12.2-25%。施磷不但能提高母本四倍體西瓜的產籽量，而且對提高四倍體種子孕性，促進種胚發育，提高無籽西瓜種子的千粒重、發芽率和成苗率都有顯著作用。
二、無籽西瓜培育過程中人工輔助授粉。無籽西瓜制種時，利用父本普通西瓜的混合花粉（同一品種不同株的花粉），對母本四倍體進行人工授粉，使更多、更理想的花粉落到柱頭上，增加花粉的發芽率，促進花粉管迅速生長，順利完成受精作用，從而提高種子質量。
三、無籽西瓜培育過程中要適量施硼。據研究，施硼對提高無籽西瓜種子孕性，增加其采種量有較好的效果。育苗時每公斤營養土加硼砂2毫克，孕蕾至開花期間隔7天噴0.05%的硼液2次，畝產籽量比對照高53.4%。
四、無籽西瓜培育過程中破殼高溫催芽。人工破殼是提高無籽西瓜發芽率簡便、有效的措施，一般是先浸種，后破殼。催芽時溫度應保持在35℃-37℃。
五、無籽西瓜要合理密植。密植是提高種子產量的重要途徑。一般以每畝種植1000-1400株，每株留1個瓜為宜。
六、改善無籽西瓜栽培條件。播前一定要浸種催芽，采用營養缽育苗，育苗苗床內溫度要高于普通西瓜。無籽西瓜幼芽的頂土能力較差，播種時土質要松，播種要淺，蓋土0.5厘米為宜，人工剝除“帶帽”。
無籽西瓜培育過程中注意上面的事項就可以克服采種量低、發芽率低、成苗率低等問題，大大提高無籽西瓜產量。