小辣椒疫病是辣椒病害中的一種常見病害，當辣椒遇上疫病后就得好好的進行防治。以下是小辣椒疫病的防治的方法。
（1）小辣椒疫病防治之合理輪作：與十字花科、豆科蔬菜等進行2～3年輪作。
（2）小辣椒疫病防治之培育無病壯苗：不用舊床土，不在種植感病作物的田中（含取土）育苗。化肥必須腐熟，床土要疏松肥沃。苗床土壤處理以每㎡苗床用10～12g。50%福美雙可濕性粉劑拌20kg床土做成藥土，將2/3藥土撒于床面做墊土，另1 /3用以覆蓋種子。若出現病苗及時拔除，并噴藥防治。
（3）小辣椒疫病防治之深溝窄畦，科學灌水：選用肥沃，排水良好的地塊，采用深溝窄畦栽培，是防病豐產的基礎。
（4）小辣椒疫病防治之加強田間管理：因地制宜地選用抗病品種。
（5）小辣椒疫病防治之藥劑防治：中心病株出現時開始施藥。抓雨前噴藥并在藥前病殘體。