近年來各地胡蘿卜種植面積迅速擴大，由于生產管理不善等因素，胡蘿卜病害逐漸加重，據調查一般田塊發病率在10％-30％。常見的病害主要有黑斑病、黑腐病、根結線蟲病、軟腐病、花葉病。
1、黑斑病
識別要點：主要為害葉片、葉柄和莖稈。葉片多從葉尖或葉緣發病，產生褐色小病斑，有黃色暈圈，擴大后呈不規則形黑褐色、內部淡褐色病斑，后期葉緣上卷，從下部枯黃。潮濕時病斑上密生黑霉，莖、花柄發病，產生長圓形黑褐色稍凹陷病斑，易折斷。
防治方法：①播前用種子重量0.3％的50％福美雙或70％代森錳鋅拌種。②從無病株上采種，做到單收單藏。③實行2年輪作，增施基肥和追肥。④發病初期噴灑75％百菌清600倍液、70％代森錳鋅600倍液，隔7―10天1次，連續防治2―3次。
2、黑腐病
識別要點：苗期至采收期或貯藏期均可發生，主要為害肉質根、葉片、葉柄及莖。葉片染病，形成暗褐色斑，嚴重的致葉片枯死。葉柄上病斑長條狀。莖上多為梭形至長條形斑，病斑邊緣不明顯。濕度大時表面密生黑色霉層。肉質根染病多在根頭部形成不規則形或圓形稍凹陷黑斑，嚴重時病斑擴展，深達內部，使肉質根變黑腐爛。
防治方法：同胡蘿卜黑斑病。
3、根結線蟲病
識別要點：主要發生在根部。地上部表現癥狀因發病的程度不同而異，輕病株癥狀不明顯，重病株生長發育不良，葉片中午萎蔫或逐漸枯黃，植株矮小，影響結實，發病嚴重時，全田植株枯死。地下染病后產生瘤狀大小不等的根結，解剖根結，病部組織里有很多細小的乳白色線蟲埋于其內。
防治方法：①實行2年以上水旱輪作。②重病田灌水10―15厘米深，保持1―3個月，使線蟲缺氧窒息而死。③收獲后清潔田園，將病殘體帶出田外集中燒毀，壓低蟲源基數，減輕病害的發生。④在蔬菜發病初期，用1.8％蟲螨克1000倍液灌根，每株灌0.5公斤，間隔10―15天灌根1次。
4、軟腐病
識別要點：主要為害地下部肉質根，田間或貯藏期均可發生，在田間地上部莖葉變黃萎蔫，根部染病初呈濕腐狀，后擴大，病斑形狀不定，邊緣明顯或不明顯，肉質根組織軟化，呈灰褐色，腐爛汁液外溢，具臭味。
防治方法：①重病區實行與蔥蒜類蔬菜及水稻輪作。②加強檢查，雨后及時排水，發現病株隨時，并撒石灰或用石灰水淋灌病穴。③發病初期噴灑14％絡氨銅水劑300倍液，或50％琥膠肥酸銅（DT）500倍液。④收獲時盡量減少傷口，采收后曬半天，入窖后嚴格控制窖溫在IO℃以下，相對濕度低于80％，可減少發病。
5、花葉病毒病
識別要點：胡蘿卜苗期或生長中期發生，植株生長旺盛葉片受害，輕者形成明顯斑駁花葉，重者呈嚴重皺縮花葉，有的葉片扭曲畸變。
防治方法：①清潔田園，及時清理病殘株，深埋或燒毀。②及早防治蚜蟲，減少傳毒機會，用2.5％功夫3000―4000倍液或10％吡蟲啉15克/畝。③用1.5％植病靈1000倍液噴霧，或1：（20-40）的鮮豆漿低容量噴霧，隔7天噴1次，連噴3―4次。