棉花在生長過程中除了需要氮、磷、鉀等大量元素做為營養補充，也離不開微量元素的作用，微量元素對棉花生長發育和生理代謝起著不可代替的作用。如鋅是一種酶的活化劑，并參與生長素的生物合成；硼能促進其他營養元素進入棉株體內、促進根系的生長發育和開花結實。在實際生產中；棉農長期側重于氮、磷、鉀肥的施用，很少施或不施微肥，導致棉田不同程度缺少微量元素，影響了棉株生長和產量的提高。以下介紹鋅、硼、鉬三種微肥的施用方法，各地棉農可依本地情況選用。
一、鋅肥目前商品鋅肥有硫酸鋅和多效鋅，兩種鋅肥均可。施用方法以基施為好，用量為硫酸鋅畝施1公斤-1.5公斤，多效鋅每畝2公斤-2.5公斤。播種前將硫酸鋅或多效鋅與其他基肥拌和均勻使用，也可和一定量的土拌勻，在棉花制缽前直接施于苗床缽土中，或在棉花移栽時與安家肥拌勻施用，以緩解棉花生長過程中土壤鋅含量的不足。在棉花開花結鈴期也可葉面噴施鋅肥，以增加外圍桃，延長功能葉的壽命，增加衣分，提高產量和改善品質。葉面噴施一般用0.2%的硫酸鋅溶液，噴施2-3次，每次每畝噴肥液75公斤。
二、礎肥商品硼主要有硼酸和硼砂，而直接用于棉花生產的多為硼砂。硼砂施用方法較多，可以基施、浸種，也可用于根外噴肥。一般基施方法較為簡便、省工。基施每畝用硼砂400克，在棉花制缽前與其他基肥一起施入，或在棉苗移栽時與安家肥一起施用，也可直接與其他基肥在播種前一起施用。浸種用濃度為0.02％溶液，浸種4?5小時，撈起曬干后即可播種。根外噴施，一般先用少量溫水將硼砂溶解加涼水稀釋至0.2%的溶液，分別在棉花蕾期、初花期、盛花期噴施3次，每次每畝噴肥液75公斤，噴硼時加0.5%尿素效果更佳。
三、鉬肥商品鉬肥主要為鉬酸銨。施用方法一般采用根外噴肥，用0.1%的鉬酸銨溶液，在苗期、蕾期、花鈴期各噴一次，每次每畝噴肥液50公斤-75公斤，能促進棉株的生長發育。
微肥在進行根外噴肥時，宜在晴天的上午9時前或下午5時后噴施，以延長肥液在葉片上的濕潤時間，利于葉片吸收。要噴細噴勻，特別注意對棉花葉背面的噴施，以促進吸收，增進肥效。為節省工序，發揮各營養元素的聯效作用，可根據具體情況將同期所用肥料一起施用，也可結合防治病蟲害與農藥混用，使其“一噴多效”。但要注意葉面噴施不宜與堿性農藥混用，磷肥不宜與鋅肥混用，草木灰不宜與其他忌堿性葉面肥混用。
鋅、硼；鉬肥雖然用量很小，但其生理作用和增產效果是不可低估的。在實際生產應用時要做到鋅、硼、鉬配合施用，以發揮微肥在棉花高產栽培中的增產作用。